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Nombre de programmes trouvés : 3322
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le (4m54s)

1.5. Compter les nucléotides

Notre premier algorithme vise assez simplement à compter les nucléotides d'une séquence génomique, autrement dit à compter les lettres dans une chaîne de caractères. En entrée, cette chaîne de caractères, encore une fois écrite dans cet alphabet de 4 lettres, et dont la fin est marquée par un caractère particulier qu'il s'agira de reconnaître. La description d'un algorithme débute par la déclaration de ce qu'on appelle des variables. Ici nous l'avons vu, nous avons plusieurs variables : le nombre de A, le nombre de C, le nombre de G et de T qu'il faudra calculer, le nombre total de lettres ...
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le (8m42s)

1.8. Changer l’échelle du chemin

Dans la session précédente, je vous ai proposé de m'accompagner dans une balade sur l'ADN. En fait un parcours de la séquence avec un tracé de segments, dont l'orientation dépendait de la lettre courante de la séquence et on a vu que ceci nous permettait effectivement de tracer un chemin. Et nous avons vu aussi très vite que nous étions rejoints par des contraintes matérielles qui étaient la taille de l'écran, le nombre de pixels qu'on pouvait afficher sur un écran, qui nous interdisait a priori d'afficher le tracé de l'ADN d'un génome de plusieurs millions de caractères.Comment résoudre le ...
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le (7m34s)

2.2. Les gènes, de Mendel à la biologie moléculaire

La séquence de caractères est un bon modèle de l'ADN, un des modèles possibles de l'ADN et il est bon parce qu'il est utile. On va voir en particulier que ce modèle simple peut servir de support à de la prédiction de gènes. On va pouvoir grâce à ce modèle-là, avec les algorithmes appropriés, trouver les gènes sur l'ADN. Et donc, surtout, sur la séquence qui représente cet ADN. Cette notion de gènes, qui s'impose actuellement comme étant la portion de l'ADN qui code pour les protéines, n'a pas toujours été connue en tant que telle. La première fois qu'on a ...
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le (6m12s)

2.6. Algorithmes + structures de données = programmes

En écrivant le code de la fonction, qui recherche un triplet dans le tableau qui implémente le code génétique, nous avons terminé et obtenu un algorithme de traduction d'une séquence d'ADN, voire d'ARN, en protéines. Arrêtons-nous quelques instants pour évaluer la qualité de cet algorithme, et en particulier ses performances. Cet algorithme termine-t-il ? Oui. Est-il pertinent ? Oui, dans le sens qu'il effectue effectivement ce qu'on attend de lui, à savoir prendre une séquence dans un alphabet de 4 lettres, grouper chacune de ces lettres 3 par 3, rechercher pour chaque triplet dans le code génétique, plus exactement dans le ...
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le (4m8s)

2.9. Le séquençage de génomes complets

Les progrès dans les technologies de séquençage ont permis d'aborder le séquençage complet de génome. Là encore, les progrès ont été spectaculaires. Prenons l'exemple du projet de séquençage de la bactérie Bacillus subtilis. A l'époque, ce projet s'est étalé de 1989 à 1998. Il a impliqué 35 laboratoires et un financement européen d'importance. Aujourd'hui, séquencer ce même génome coûterait quelques centaines d'euros et se ferait probablement en moins d'une journée. Autre exemple spectaculaire et qui a été largement médiatisé, le séquençage du premier génome humain. De 1990 à 2003, il a coûté 2,7 milliards de dollars de l'époque, des dollars de ...
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