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Résultats de recherche

Nombre de programmes trouvés : 533
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le (5m53s)

5.5. Quand les différences sont trompeuses

Il y a plusieurs raisons pour lesquelles la méthode UPGMA, que nous venons de voir, se révèle simpliste. L'une des raisons par exemple, c'est pourquoi quand on recalcule les distances, quand on a groupé deux espèces et construit un nouveau noeud, pourquoi recalcule-t-on les distances sur la base d'une moyenne ? Difficile à justifier d'un point de vue biologique, mais la méthode est simple. Mais peut-être que la critique la plus forte provient du fait que nous nous appuyons sur des distances qui sont calculées sur les séquences, et nous allons voir que ce calcul-là tend à sous-estimer le nombre ...
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le (4m10s)

4.4. L’alignement de séquences devient un problème d’optimisation

La distance de Hamming nous donne une première possibilité de mesurer la similarité entre 2 séquences. Mais elle ne reflète pas suffisamment la réalité biologique. Qu'est-ce que j'entends par là ? On a parlé de mutations et nous avons vu qu'il y avait 3 types de mutation : les substitutions et les insertions délétions. Insertion dans une séquence, délétion dans l'autre et vice versa. Il faut tenir compte de cette catégorie de mutation, c'est pourquoi il nous faut changer notre manière effectivement d'évaluer la différence et à l'inverse la similarité entre 2 séquences. Prenons cet exemple de 2 séquences ici ...
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le (6m18s)

4.8. Un algorithme récursif

Nous avons désormais en main tous les éléments pour écrire notre algorithme de détermination d'un alignement optimal, ici d'un chemin optimal.Avec les notations que nous avons introduites, je vous rappelle que nous savons, à priori, déterminer le coût de ce noeud-là, autrement dit le coût du chemin aboutissant sur ce noeud, en faisant l'hypothèse que nous connaissons les coûts optimaux de ces trois noeuds-là. Avant de poursuivre, il convient de comprendre que ce schéma de calcul, qu'on utilise pour calculer le coût de ce noeud-là, est aussi utilisable pour calculer le coût de ce noeud-là, à partir des coûts de ...
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le (3m12s)

5.2. L’arbre, objet abstrait

Vous l'aurez compris un arbre phylogénétique est un arbre abstrait qui n'a qu'un lointain rapport métaphorique avec un véritable arbre. L'arbre des bio-informaticiens et des informaticiens se dessinent du reste dans l'autre sens. C'est-à-dire que si on retrouve bien effectivement des branches qui connectent des noeuds, on a un noeud qui est la racine et qui est situé tout en haut et on situe en bas généralement par convention, les feuilles qu'on appelle également noeuds terminaux. Pour décrire un arbre, on peut utiliser une expression parenthésée, dont la logique s'impose assez rapidement. Voilà ici l'expression parenthésée correspondant à cette structure ...
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le (7m57s)

5.6. La diversité des algorithmes informatiques

Nous n'avons vu dans ce cours qu'un exemple extrêmement réduit d'algorithme bio informatique. Il existe en effet une très grande diversité de ces algorithmes bio informatiques qui sont motivés par l'existence d'un très grand nombre de classes de problèmes. Nous allons lister quelques-unes de ces classes de problèmes sans viser l'exhaustivité bien entendu. La première classe c'est l'assemblage des "reads". Ceci commence dès la sortie du séquenceur. Rappelez-vous, en sortie d'un séquenceur NGS de nouvelle génération, on récupère un ensemble de "reads", des séquences relativement courtes de quelques dizaines de bases, en très grand nombre et qui se recouvrent. La ...
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le (18m30s)

Les ondes de marées

Les marées sont principalement le résultat de l'attraction de la lune et du soleil et de la rotation de la terre sur elle-même. Des mesures par satellite permettent d'obtenir des animations qui visualisent les variations de la hauteur des mers, représentées par des niveaux de gris. Ces variations de niveau sont la somme de nombreuses composantes, baptisées ondes de marée. Les animations mettent en évidence les propriétés de l'onde de marée M2, effet de l'attraction de la lune (période, amplitude, longueur d'onde, noeuds vibratoires et vitesse de propagation) et de l'onde de marée K1, effet de l'inclinaison de l'orbite lunaire ...
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Documentaires

le (8m9s)

Battements (1999)

Notre coeur est formé de plusieurs millions de cellules qui battent au rythme de 50 à 120 pulsations par minute. Les cellules cardiaques comprennent les myocytes qui battent et les fibroblastes qui eux ne pulsent pas mais dont les mouvements sont mis en évidence par microcinématographie en accéléré. Des cellules de coeur de rat sont mises en culture. Les myocytes sont d'abord dispersés, puis après une ou deux semaines de culture, ils se rassemblent et leurs battements se synchronisent. Ces regroupements de myocytes en zones cellulaires homogènes semblent être organisés par les fibroblastes. La communication entre myocytes, réalisée par leurs ...
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le (3m41s)

Le miroir à retournement temporel

Ce clip présente une méthode de contrôle non destructif par ultrasons mise au point par le laboratoire Ondes et acoustique et la société SNECMA. Elle utilise un miroir à retournement temporel qui est ici présenté par son inventeur Mathias Fink. Le miroir émet des ultrasons. Si ceux-ci sont réfléchis par un défaut dans la pièce à contrôler, ils reviennent vers le miroir qui les renvoie à nouveau vers le défaut, le signal étant amplifié à chacun de ces retournements temporels. La méthode est appliquée à des pièces en titane pour moteurs d'avions.GénériqueRéalisateur : Jean-François Ternay Producteur : CNRS Audiovisuel Diffuseur ...
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Conférences

le (1h57m23s)

L’utilisation de sources de fortes puisssances pour le traitement de surface

Un traitement de surface est généralement réalisé dans le but d’améliorer les caractéristiques superficielles d’un matériau (dureté, module d’élasticité, résistance à l’usure ou à l’oxydation, modification de la conductivité thermique ou électrique, aspect visuel), tout en préservant son intégrité dans son volume. Dans ce domaine, le laser offre un large éventail de traitements que ce soit en phase solide ou liquide, avec ou sans apport de matière. Ses avantages sont les suivants :Le traitement est très localisé, garantissant une grande précision des zones modifiées ;La liaison entre le cordon et le substrat est de type métallurgique, assurant une très bonne ...
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