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Résultats de recherche

Nombre de programmes trouvés : 307
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le (7m16s)

5.7. Les applications en microbiologie

Une très grande diversité, on l'a vu, d'algorithmes en bio-informatique, motivé par la résolution de problèmes différents. Ces algorithmes, ces recherches en bio-informatique, s'appuient sur des domaines des mathématiques et de l'informatique. De très nombreux domaines sont ainsi impliqués. Je n'en fait pas ici la liste exhaustive mais je vais citer, bien entendu, l'algorithmique en tant que tel sur les chaînes de caractères, nous l'avons vu, mais également sur les arbres, nous l'avons vu, sur les arbres phylogénétiques. Également sur les réseaux, ces réseaux de gènes ou réseaux métaboliques. Probabilité statistique. Nous avons nommé les chaînes de Markov, les modèles ...
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le (7m26s)

5.7. The application domains in microbiology

Bioinformatics relies on many domains of mathematics and computer science. Of course, algorithms themselves on character strings are important in bioinformatics, we have seen them. Algorithms and trees, for example,for reconstructing phylogenetic trees, algorithms on networks toreconstruct gene interaction networks, metabolic networks and maybe to simulate the dynamics of the time. We have seen also the implicationof probability and statistics. The implication of optimizationmethods, for example, for the computation of the optimalalignment of a pair of sequences. Constraint satisfaction is used forpredicting molecule structure. Automata and formal grammarswhich are some exotic parts of computer science are also usefulin bioinformatics, the same for signal processing. And soother domains may be listed here. We also ...
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le (7m34s)

2.2. Les gènes, de Mendel à la biologie moléculaire

La séquence de caractères est un bon modèle de l'ADN, un des modèles possibles de l'ADN et il est bon parce qu'il est utile. On va voir en particulier que ce modèle simple peut servir de support à de la prédiction de gènes. On va pouvoir grâce à ce modèle-là, avec les algorithmes appropriés, trouver les gènes sur l'ADN. Et donc, surtout, sur la séquence qui représente cet ADN. Cette notion de gènes, qui s'impose actuellement comme étant la portion de l'ADN qui code pour les protéines, n'a pas toujours été connue en tant que telle. La première fois qu'on a ...
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le (7m40s)

5.5. Differences are not always what they look like

The algorithm we have presented works on an array of distance between sequences. These distances are evaluated on the basis of differences between the sequences. The problem is that behind the differences we observed on the set of sequences, there may beother mutations which cannot be observed and we should modify the distances. We will have a look at some simple cases of these observed differences which may correspond to hidden differences and then we will see how the evaluation, computationof the number of differences may be affected. The simple case is this one, aunique substitution between, in the sequence One we have a Cand it turns out that in ...
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Conférences

le (7m41s)

02 • Ouverture

Conférence Nationale sur l'Enseignement des Mathématiques (CNEM) 2012 •(Les enjeux de la journée pour l'ENS-Lyon, qui ouvre avec cette conférence une activité nouvelle de réflexion sur l'enseignement des discipline, avec l'IFE) Organisée par l’Institut Français de l’Education (IFE) à la demande de la DGESCO, par un Comité Scientifique présidé par Rémy JOST, Inspecteur Général de l’Education Nationale Honoraire, et Alain MERCIER, professeur à l’IFE ENS-Lyon. L’enjeu de la Conférence est 1) de faire un état des lieux sur les connaissances relatives à ces niveaux d’enseignement des mathématiques, 2) Etablir une cartographie des ...
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le (7m42s)

4.8. A recursive algorithm

We have seen how we can computethe optimal cost, the ending node of our grid if we know the optimal cost of the three adjacent nodes. This is this computation scheme we can see here using the notation of the pseudo code and not the mathematical notation we used in the previous sessions. So again we can compute the cost of this node if we know the cost of that node, that node and that node and we have to add respectively the insertion cost, the substitution cost orthe insertion cost. The substitution cost here depends on the letter at this position in the sequence and this letter ...
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le (7m53s)

2.3. Le code génétique

Gènes et protéines, mais qu'est-ce qu'une protéine ? Une protéine, c'est également une molécule qui est constituée d'une succession de ce que l'on appelle les acides aminés. C'est donc une chaîne d'acides aminés qui sont des motifs chimiques élémentaires. Il existe 20 acides aminés distincts. Chacun de ces acides aminés peut être désigné soit par son nom complet, soit par un nom à 3 lettres, soit par un nom simple à une seule lettre. Conséquence : une protéine peut, au niveau le plus primaire, être modélisée elle aussi par une chaîne de caractères. Mais cette chaîne de caractères est écrite ...
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