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Résultats de recherche

Nombre de programmes trouvés : 307
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le (5m16s)

5.4. L’algorithme UPGMA

L'algorithme, que nous allons étudier pour la reconstruction d'arbres phylogénétiques à partir des distances, s'appelle UPGMA. Un nom plutôt compliqué pour une méthode qui est plutôt simple. Et même, on le verra trop simple. UPGMA signifie Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean. Nous allons voir au fur et à mesure, la signification dans l'exécution de l'algorithme de chacun de ces termes. Le point de départ de cet algorithme est donc un tableau de distances, tel que nous avons pu le remplir dans la session précédente. Voilà l'exemple que nous allons traiter. C'est un exemple simple. Nous avons sept espèces ...
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le (3m2s)

4.3. Quantifier la similarité de deux séquences

Le principe est donc de rechercher, dans les bases de données, des séquences similaires à celles que nous sommes en train d'étudier. Nous faisons aussi l'hypothèse que plus les séquences sont similaires, meilleure est la pertinence de l'information attachée à la séquence retrouvée dans la base de données. Nous allons donc chercher un moyen de quantifier le niveau de similarité entre 2 séquences. Le premier moyen très simple, c'est d'utiliser la distance dite de Hamming. De quoi s'agit-il ? Très simple, en effet. Prenez ces 2 séquences ici. Vous pouvez très rapidement à l'oeil voir qu'elles diffèrent par 2 substitutions, ...
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le (4m40s)

4.7. Coûts et alignement

Nous avons vu l'ébauche de notre algorithme d'alignement optimal en considérant la possibilité de calculer le coût optimal, ou score optimal, de ce dernier noeud. Et nous avons vu que le coût de ce dernier noeud, si les coûts de ces trois noeuds-là étaient connus comme étant optimaux, eh bien le coût optimal de ce noeud était la plus petite de ces trois valeurs-là. C'est-à-dire la plus petite des 3 valeurs des chemins de longueur 1, ou celui-ci, ou celui-là, ou celui-là. Il nous faut maintenant regarder d'un peu plus près ce que sont ces coûts qui figurent sur le ...
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le (5m53s)

5.5. Quand les différences sont trompeuses

Il y a plusieurs raisons pour lesquelles la méthode UPGMA, que nous venons de voir, se révèle simpliste. L'une des raisons par exemple, c'est pourquoi quand on recalcule les distances, quand on a groupé deux espèces et construit un nouveau noeud, pourquoi recalcule-t-on les distances sur la base d'une moyenne ? Difficile à justifier d'un point de vue biologique, mais la méthode est simple. Mais peut-être que la critique la plus forte provient du fait que nous nous appuyons sur des distances qui sont calculées sur les séquences, et nous allons voir que ce calcul-là tend à sous-estimer le nombre ...
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le (4m10s)

4.4. L’alignement de séquences devient un problème d’optimisation

La distance de Hamming nous donne une première possibilité de mesurer la similarité entre 2 séquences. Mais elle ne reflète pas suffisamment la réalité biologique. Qu'est-ce que j'entends par là ? On a parlé de mutations et nous avons vu qu'il y avait 3 types de mutation : les substitutions et les insertions délétions. Insertion dans une séquence, délétion dans l'autre et vice versa. Il faut tenir compte de cette catégorie de mutation, c'est pourquoi il nous faut changer notre manière effectivement d'évaluer la différence et à l'inverse la similarité entre 2 séquences. Prenons cet exemple de 2 séquences ici ...
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le (6m18s)

4.8. Un algorithme récursif

Nous avons désormais en main tous les éléments pour écrire notre algorithme de détermination d'un alignement optimal, ici d'un chemin optimal.Avec les notations que nous avons introduites, je vous rappelle que nous savons, à priori, déterminer le coût de ce noeud-là, autrement dit le coût du chemin aboutissant sur ce noeud, en faisant l'hypothèse que nous connaissons les coûts optimaux de ces trois noeuds-là. Avant de poursuivre, il convient de comprendre que ce schéma de calcul, qu'on utilise pour calculer le coût de ce noeud-là, est aussi utilisable pour calculer le coût de ce noeud-là, à partir des coûts de ...
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le (3m12s)

5.2. L’arbre, objet abstrait

Vous l'aurez compris un arbre phylogénétique est un arbre abstrait qui n'a qu'un lointain rapport métaphorique avec un véritable arbre. L'arbre des bio-informaticiens et des informaticiens se dessinent du reste dans l'autre sens. C'est-à-dire que si on retrouve bien effectivement des branches qui connectent des noeuds, on a un noeud qui est la racine et qui est situé tout en haut et on situe en bas généralement par convention, les feuilles qu'on appelle également noeuds terminaux. Pour décrire un arbre, on peut utiliser une expression parenthésée, dont la logique s'impose assez rapidement. Voilà ici l'expression parenthésée correspondant à cette structure ...
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le (16m5s)

RDV santé Inserm avec Christian NERI: Un ver précieux pour l'étude des maladies du cerveau

Cænorhabditis elegans (C. elegans) est un petit ver d'un millimètre de long, transparent, qui représente un modèle animal simple pour étudier la maladie de Huntington. Cette affection touche le cerveau de patients : certaines zones cérébrales sont, au fil du temps, détruites. Cela engendre des troubles moteurs et cognitifs. Par exemple, des mouvements involontaires rendant difficile l'exécution de certaines tâches quotidiennes ou encore des phénomènes dépressifs… En France, environ 6000 personnes sont affectées. On estime toutefois que le nombre de personnes concernées non diagnostiquées est 5 fois plus important. Le gène de la maladie a été trouvé en 1993, il ...
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Conférences

le (1h1m38s)

Rencontre autour de la génétique : De l’instabilité chromosomique au cancer

UNE CONFERENCE par Michelle DEBATISSE, professeure, Directrice du laboratoire Dynamique de l’information génétique : bases fondamentales et cancer, Institut Curie. Depuis la découverte de l’ADN en 1953, le développement de la génétique a permis un formidable essor de la connaissance des mécanismes de la cellule.Les généticiens du laboratoire de Michelle Debatisse étudient le fonctionnement d’une phase particulière de la vie de la cellule, la réplication de l’ADN. Etape cruciale, la réplication met en jeu des machines moléculaires qui effectuent le recopiage des chromosomes, ainsi que des mécanismes complexes qui ...
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