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Résultats de recherche

Nombre de programmes trouvés : 307
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le (4m28s)

2.7. Les compromis de la conception d’algorithmes

La mise en oeuvre d'une structure de données appropriée permet, nous l'avons vu, d'améliorer les performances d'algorithmes. Nous en avons vu l'exemple sur la recherche d'un triplet dans un tableau de code génétique, quand nous avons ajouté ces tables d'index, nous avons vu que nous avons diminué de façon tout à fait significative, le nombre de comparaisons à effectuer. Je vous propose maintenant une autre approche où les index ne sont pas sous forme de table mais sont calculés. Il faut que vous vous souveniez de la manière dont le tableau est organisé. D'abord tous les triplets qui commencent par ...
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le (4m29s)

1.6. GC and AT contents of DNA sequence

We have designed our first algorithmfor counting nucleotides. Remember, what we have writtenin pseudo code is first declaration of variables. We have several integer variables that are variables which cantake as a value an integer. One, two, three minus five and so on. We have the sequence of characters we want to interpret, declare as a character string oflengths and define. Then we have the initializationof our different variables. This symbol is a symbol for assignment, it means that zero becomes the value of total nb, nbT and soon and so on and here we say: index takes the value one. It means that we position at the beginning of ...
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le (4m31s)

4.5. Un alignement de séquences vu comme un chemin dans une grille

Pour comparer deux séquences entre elles, il faut donc les aligner. Aligner ces deux séquences suppose faire des hypothèses d'insertion, délétion, aux bons endroits. Ça signifie, d'un point de vue séquence de caractères, insérer des caractères "blank", le tiret, aux endroits appropriés. Approprié dans quel sens ? Au sens que la distance entre les deux séquences soit minimale. On appliquera le même processus pour toute perte de séquence, et systématiquement, on retiendra comme étant la mesure de similarité, la distance minimale entre cette paire de séquences. Comment déterminer ces endroits d'insertion, de délétion, comment émettre ces hypothèses d'insertion, délétion et ...
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le (4m40s)

4.7. Coûts et alignement

Nous avons vu l'ébauche de notre algorithme d'alignement optimal en considérant la possibilité de calculer le coût optimal, ou score optimal, de ce dernier noeud. Et nous avons vu que le coût de ce dernier noeud, si les coûts de ces trois noeuds-là étaient connus comme étant optimaux, eh bien le coût optimal de ce noeud était la plus petite de ces trois valeurs-là. C'est-à-dire la plus petite des 3 valeurs des chemins de longueur 1, ou celui-ci, ou celui-là, ou celui-là. Il nous faut maintenant regarder d'un peu plus près ce que sont ces coûts qui figurent sur le ...
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le (4m45s)

3.5. Comment améliorer la qualité des prédictions ?

Il faut toujours le répéter et le souligner, les algorithmes qui déterminent des gènes déterminent des gènes candidats. Ce sont des prédictions de gènes. Donc la question est de savoir s'il est éventuellement possible d'améliorer nos algorithmes de façon à améliorer la qualité de nos prédictions. Nous allons voir qu'il y a en restant dans la même logique de notre algorithme précédent, effectivement la possibilité d'améliorer la qualité, la prédiction de régions codantes sur un brin d'ADN. Pour ce faire, il nous faut introduire une notion de biologie moléculaire importante qui est le ribosome. De quoi s'agit-il ? Vous avez ici ...
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le (4m46s)

3.3. Searching for start and stop codons

We have written an algorithm for finding genes. But you remember that we arestill to write the two functions for finding the next stop codonand the next start codon. Let's see how we can do that. We are looking for triplets. We use the term triplets as long as wehave no proof that they are codons. You can have triplets outside genes. Within genes, they are called codons. In general, we arelooking for triplets. If you have a sequence like thisone and you are looking for occurrences of this triplet, whatyou have to do is: position your triplet at the beginning of the sequence. Compare the first letter. If it is not ...
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le (4m46s)

3.5. Making the predictions more reliable

We have got a bacterial gene predictor but the way this predictor works is rather crude and if we want to have more reliable results, we have to inject into this algorithmmore biological knowledge. We will use a notion of RBS, RBS stands for Ribosome Binding Sites. What is it? OK. Let's have a look atthe cell machinery or part of it here. You certainly see here that wedeal with a eukaryotes cell. Why? It's because you have anucleus and you remember that the difference between prokaryoticcell and eukaryotic cell lies n the existence of a nucleus. Within the nucleus you have the DNA. The DNA is transcribed into ...
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