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Résultats de recherche

Nombre de programmes trouvés : 308
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le (5m0s)

5.4. The UPGMA algorithm

We know how to fill an array with the values of the distances between sequences, pairs of sequences which are available in the file. This array of distances will be the input of our algorithm for reconstructing phylogenetic trees. The name of this algorithm israther complicated but the method itself is rather simple,too simple indeed. We will see that. The name standsfor Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean, wewill understand these terms along the presentationof the algorithm. The algorithm starts withan array of distances. Let's take this very simpleexample, it implies seven species and here we have the values of thedistances between these different sequences associated with a species. As you ...
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le (5m6s)

2.5. Implémenter le code génétique

Nous avons écrit le corps de l'algorithme de traduction, et nous avons fractionné la complexité d'écriture de cet algorithme en faisant appel à une fonction qui recherche dans le tableau, qui représente le code génétique, un triplet donné et renvoie l'acide aminé. Nous avons donc obtenu cette première version de l'algorithme et qui, encore une fois, est une version très partielle puisque il nous faut maintenant écrire cette fonction de recherche dans le tableau qui représente le code génétique. Regardons à nouveau ce tableau. Ici, il est écrit sous la forme d'un tableau ici à 2 colonnes et 64 lignes. ...
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le (5m11s)

1.5. Counting nucleotides

In this session, don't panic. We will design our first algorithm. This algorithm is forcounting nucleotides. The idea here is that as an input,you have a sequence of nucleotides, of bases, of letters, of characters which ends with a star symbol, here. And, you want to count the number of A,C, G and T, and then the frequencies. To write an algorithm in thispseudo code language, you need first to declare on which objector variables you will work. Here, we declare severalinteger variables. What does it mean integer variables? That is a variable, the value of which can be an integer: 1, 2, 3, minus 9 and so on. So, integer ...
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le (5m16s)

5.4. L’algorithme UPGMA

L'algorithme, que nous allons étudier pour la reconstruction d'arbres phylogénétiques à partir des distances, s'appelle UPGMA. Un nom plutôt compliqué pour une méthode qui est plutôt simple. Et même, on le verra trop simple. UPGMA signifie Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean. Nous allons voir au fur et à mesure, la signification dans l'exécution de l'algorithme de chacun de ces termes. Le point de départ de cet algorithme est donc un tableau de distances, tel que nous avons pu le remplir dans la session précédente. Voilà l'exemple que nous allons traiter. C'est un exemple simple. Nous avons sept espèces ...
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le (5m29s)

1.2. Au cœur de la cellule, la molécule d’ADN

Au cœur de chaque cellule se trouve donc la molécule d'ADN, flottant directement dans le cytoplasme dans le cas des cellules procaryotes, par exemple bactériennes, ou contenue dans le noyau des cellules eucaryotes. Que sait-on actuellement de cette molécule d'ADN ? C'est un long parcours là encore de recherche. En 1944, l'ADN était identifié comme étant le support de l'information génétique. Découverte qui a été un peu éclipsée par le travail publié en 1953 sur la structure de la molécule d'ADN. En 1953, on montre que l'ADN est une longue molécule, on l'appellera une macro molécule, composée de 2 brins ...
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