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Nombre de programmes trouvés : 355
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le (4m40s)

4.7. Coûts et alignement

Nous avons vu l'ébauche de notre algorithme d'alignement optimal en considérant la possibilité de calculer le coût optimal, ou score optimal, de ce dernier noeud. Et nous avons vu que le coût de ce dernier noeud, si les coûts de ces trois noeuds-là étaient connus comme étant optimaux, eh bien le coût optimal de ce noeud était la plus petite de ces trois valeurs-là. C'est-à-dire la plus petite des 3 valeurs des chemins de longueur 1, ou celui-ci, ou celui-là, ou celui-là. Il nous faut maintenant regarder d'un peu plus près ce que sont ces coûts qui figurent sur le ...
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le (5m4s)

5.1. L’arbre des espèces

Dans cette cinquième et dernière partie de notre cours sur le génome et les algorithmes, qui se veut une introduction à l'analyse informatique de l'information génétique, nous regarderons de plus près la notion d'arbre phylogénétique. Plus précisément, nous verrons ce qu'est un arbre phylogénétique, le problème de sa reconstruction, étudierons un premier algorithme simple de reconstruction d'arbre phylogénétique, en verrons les limites. Puis, nous conclurons ce cours par un aperçu plus large des algorithmes bio informatiques, nous verrons que de très nombreux algorithmes bio informatiques existent, dont le cours ici ne laisse pas soupçonner l'existence, et nous conclurons sur les ...
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le (6m18s)

4.8. Un algorithme récursif

Nous avons désormais en main tous les éléments pour écrire notre algorithme de détermination d'un alignement optimal, ici d'un chemin optimal.Avec les notations que nous avons introduites, je vous rappelle que nous savons, à priori, déterminer le coût de ce noeud-là, autrement dit le coût du chemin aboutissant sur ce noeud, en faisant l'hypothèse que nous connaissons les coûts optimaux de ces trois noeuds-là. Avant de poursuivre, il convient de comprendre que ce schéma de calcul, qu'on utilise pour calculer le coût de ce noeud-là, est aussi utilisable pour calculer le coût de ce noeud-là, à partir des coûts de ...
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le (7m57s)

5.6. La diversité des algorithmes informatiques

Nous n'avons vu dans ce cours qu'un exemple extrêmement réduit d'algorithme bio informatique. Il existe en effet une très grande diversité de ces algorithmes bio informatiques qui sont motivés par l'existence d'un très grand nombre de classes de problèmes. Nous allons lister quelques-unes de ces classes de problèmes sans viser l'exhaustivité bien entendu. La première classe c'est l'assemblage des "reads". Ceci commence dès la sortie du séquenceur. Rappelez-vous, en sortie d'un séquenceur NGS de nouvelle génération, on récupère un ensemble de "reads", des séquences relativement courtes de quelques dizaines de bases, en très grand nombre et qui se recouvrent. La ...
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Conférences

le (18m24s)

A new preclinical model to test the response of breast cancer to genomically targeted therapy

Translational science : how to move from biology to clinical applicationsThe rapid progress in next generation DNA sequencing technology (NGS) means it is now possible, in principle, to obtain a complete list of the genetic abnormalities in a tumour. In practice, clinicians use NGS to obtain a much shorter list of "actionable" mutations that can be targeted with available drugs or used as prognostic markers. Unfortunately, the mere presence of an actionable mutation does not guarantee a response to the cognate drug, as shown by the SAFIR1 study (André et al 2014). To spare patients unnecessary exposure to experimental drugs, ...
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Label UNT Conférences

le (1h10m5s)

Le dialogue moléculaire des symbioses

L'azote est l'un des constituants des molécules organiques. Il constitue, sous la forme d'azote moléculaire N2, environ 80% de l'atmosphère terrestre. Cependant, il représente un facteur limitant majeur de la croissance des végétaux cultivés car ceux-ci ne peuvent l'utiliser que sous des formes non gazeuses, ammoniac ou nitrates. Seules les bactéries dites fixatrices d'azote peuvent utiliser l'azote gazeux N2 et le transformer en ammoniac. Comme cette réaction est très coûteuse en énergie, certaines se sont associées en symbiose avec des organismes photosynthétiques capables de transformer l'énergie lumineuse en énergie chimique. L'homme utilise ces associations ou symbioses en agriculture : - ...
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