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le (5m32s)

1.1. La cellule, atome du vivant

Bienvenue dans cette introduction conjointe aux notions fondamentales de génomique et d'algorithmique, autrement dit, de l'analyse informatique de l'information génétique, ce qu'on peut désigner de façon très synthétique par le terme un domaine scientifique qui est la bio informatique. Au cours de ces 5 parties, nous aborderons des notions fondamentales en commençant par évidemment l'ADN, les séquences génomiques, les textes des génomes, puis de gènes et de protéines et nous nous focaliserons plus particulièrement sur le processus de traduction de gènes en protéines, pour ensuite chercher à concevoir des algorithmes de prédiction de ces gènes dans les textes génomiques, des ...
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le (5m29s)

1.2. Au cœur de la cellule, la molécule d’ADN

Au cœur de chaque cellule se trouve donc la molécule d'ADN, flottant directement dans le cytoplasme dans le cas des cellules procaryotes, par exemple bactériennes, ou contenue dans le noyau des cellules eucaryotes. Que sait-on actuellement de cette molécule d'ADN ? C'est un long parcours là encore de recherche. En 1944, l'ADN était identifié comme étant le support de l'information génétique. Découverte qui a été un peu éclipsée par le travail publié en 1953 sur la structure de la molécule d'ADN. En 1953, on montre que l'ADN est une longue molécule, on l'appellera une macro molécule, composée de 2 brins ...
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le (5m58s)

1.3. L’ADN code l’information génétique

L'ADN, cette longue molécule, porte l'information génétique. Autrement dit, l'information qui est nécessaire à la cellule pour fonctionner et se reproduire. Regardons de plus près cette information génétique. Nous avons vu comment en lisant la séquence de nucléotides le long d'un brin de l'ADN, on pouvait obtenir en fait un texte écrit dans un alphabet de 4 lettres : A, C, G, T. L'opération physico-chimique qui permet de lire la molécule d'ADN s'appelle le séquençage. Cette opération est assez compliquée, nous y reviendrons dans une session ultérieure...
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le (3m57s)

1.4. Qu’est-ce qu’un algorithme ?

Les génomes peuvent donc être vus comme une longue suite de lettres écrites dans l'alphabet : A, C, G et T. Comment interpréter ces textes ? Ça va être le sujet de la bio-informatique à l'aide d'algorithmes appropriés. Qu'entend-on par algorithme ? Un algorithme peut être vu comme une suite d'opérations à exécuter pour résoudre un problème ou, plus généralement, une classe de problèmes. Notre premier algorithme ici, va avoir comme objectif de compter les nucléotides d'une séquence génomique, autrement dit de compter les lettres composant une chaîne de caractères associée à une séquence génomique. Souvent, on utilise la métaphore ...
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