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Résultats de recherche

Nombre de programmes trouvés : 478
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le (3m2s)

4.3. Quantifier la similarité de deux séquences

Le principe est donc de rechercher, dans les bases de données, des séquences similaires à celles que nous sommes en train d'étudier. Nous faisons aussi l'hypothèse que plus les séquences sont similaires, meilleure est la pertinence de l'information attachée à la séquence retrouvée dans la base de données. Nous allons donc chercher un moyen de quantifier le niveau de similarité entre 2 séquences. Le premier moyen très simple, c'est d'utiliser la distance dite de Hamming. De quoi s'agit-il ? Très simple, en effet. Prenez ces 2 séquences ici. Vous pouvez très rapidement à l'oeil voir qu'elles diffèrent par 2 substitutions, ...
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le (4m40s)

4.7. Coûts et alignement

Nous avons vu l'ébauche de notre algorithme d'alignement optimal en considérant la possibilité de calculer le coût optimal, ou score optimal, de ce dernier noeud. Et nous avons vu que le coût de ce dernier noeud, si les coûts de ces trois noeuds-là étaient connus comme étant optimaux, eh bien le coût optimal de ce noeud était la plus petite de ces trois valeurs-là. C'est-à-dire la plus petite des 3 valeurs des chemins de longueur 1, ou celui-ci, ou celui-là, ou celui-là. Il nous faut maintenant regarder d'un peu plus près ce que sont ces coûts qui figurent sur le ...
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le (4m10s)

4.4. L’alignement de séquences devient un problème d’optimisation

La distance de Hamming nous donne une première possibilité de mesurer la similarité entre 2 séquences. Mais elle ne reflète pas suffisamment la réalité biologique. Qu'est-ce que j'entends par là ? On a parlé de mutations et nous avons vu qu'il y avait 3 types de mutation : les substitutions et les insertions délétions. Insertion dans une séquence, délétion dans l'autre et vice versa. Il faut tenir compte de cette catégorie de mutation, c'est pourquoi il nous faut changer notre manière effectivement d'évaluer la différence et à l'inverse la similarité entre 2 séquences. Prenons cet exemple de 2 séquences ici ...
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le (6m18s)

4.8. Un algorithme récursif

Nous avons désormais en main tous les éléments pour écrire notre algorithme de détermination d'un alignement optimal, ici d'un chemin optimal.Avec les notations que nous avons introduites, je vous rappelle que nous savons, à priori, déterminer le coût de ce noeud-là, autrement dit le coût du chemin aboutissant sur ce noeud, en faisant l'hypothèse que nous connaissons les coûts optimaux de ces trois noeuds-là. Avant de poursuivre, il convient de comprendre que ce schéma de calcul, qu'on utilise pour calculer le coût de ce noeud-là, est aussi utilisable pour calculer le coût de ce noeud-là, à partir des coûts de ...
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Conférences

le (20m39s)

Journées EMOIS Nancy 2015 : Session D2 - Comparaison internationale des complications thromboemboliques veineuses survenant chez des patients hospitalisés ayant subi une arthroplastie de hanche

...Titre : Journées EMOIS Nancy 2015 - Session D2 - Comparaison internationale des complications thromboemboliques veineuses survenant chez des patients hospitalisés ayant subi une arthroplastie de hanche – Auditorium 300Modérateurs : C. COLIN, P....
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