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le (9m43s)
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le (5m32s)
1.1. La cellule, atome du vivant
... particulièrement sur le processus de traduction de gènes en protéines, pour ensuite chercher à concevoir des algorithmes de prédiction de ces gènes dans les textes génomiques, des algorithmes également de comparaison de séquences qui nous permettront de fournir... Voir la vidéo
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le (4m28s)
2.7. Les compromis de la conception d’algorithmes
... tables d'index, nous avons vu que nous avons diminué de façon tout à fait significative, le nombre de comparaisons à effectuer. Je vous propose maintenant une autre approche où les index ne sont pas sous forme de table mais sont calculés. Il faut que vous... Voir la vidéo
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le (5m44s)
3.6. L’algorithme de Boyer-Moore
... l'efficacité de leurs algorithmes. Pourquoi ? Parce qu'on travaille sur des textes qui sont assez longs, on en a vu des ordres de grandeur, et moins, on aura à faire de comparaison, plus rapide sera l'exécution de nos algorithmes. Donc, travailler sur... Voir la vidéo
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le (5m47s)
2.10. Comment trouver les gènes ?
...L'obtention de la séquence complète d'un génome d'un organisme vivant est certes un beau résultat, mais c'est en fait le début d'une longue phase d'interprétation, d'annotations et de comparaisons. Par annotations, on entend quoi? On entend d'abord... Voir la vidéo
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le (4m32s)
4.1. Comment prédire les fonctions des gènes/protéines ?
... gènes et de ces protéines ? Quels rôles dans la cellule jouent les protéines codées par les gènes ? En pratique, il n'existe pas véritablement d'algorithme de prédiction de la fonction et tout se fait, comme nous allons le voir, par comparaison de... Voir la vidéo
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le (4m31s)
4.5. Un alignement de séquences vu comme un chemin dans une grille
Pour comparer deux séquences entre elles, il faut donc les aligner. Aligner ces deux séquences suppose faire des hypothèses d'insertion, délétion, aux bons endroits. Ça signifie, d'un point de vue séquence de caractères, insérer des caractères "blank", le tiret, aux endroits appropriés. Approprié dans quel sens ? Au sens que la distance entre les deux séquences soit minimale. On appliquera le même processus pour toute perte de séquence, et systématiquement, on retiendra comme étant la mesure de similarité, la distance minimale entre cette paire de séquences. Comment déterminer ces endroits d'insertion, de délétion, comment émettre ces hypothèses d'insertion, délétion et ... Voir la vidéo
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le (4m53s)
4.9. Éviter la récursivité : une version itérative
La fonction récursive que nous avons obtenue est d'un code assez compact et plutôt élégant, mais effectivement peu efficace. Pourquoi ? Rappelons son fonctionnement. Cette fonction est d'abord appelée pour calculer le coût de ce nœud-là. Nécessitant le coût optimal de ce nœud, celui-ci et celui-là, elle est ré appliquée, elle se ré appelle sur ces 3 nœuds-là. Si on prend l'appel de la fonction sur ce nœud-là, elle va se ré appeler de nouveau pour calculer le coût de ce nœud, de celui-ci et de celui-là. Conséquence : vous voyez que ce nœud-là a déjà été calculé 2 fois ... Voir la vidéo
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le (3m44s)
4.2. Évolution et similarité de séquences
Avant de chercher à quantifier ce qu'est la similarité de séquence, on peut se poser la question même de savoir pourquoi des séquences de génome sont similaires entre organismes. La réponse tient dans la théorie de l'évolution que l'on doit à Charles Darwin. Que dit Charles Darwin et que disent les biologistes évolutionnistes actuellement ? Ils disent que les espèces évoluent. Une espèce, par spéciation, donne naissance à 2 autres espèces qui évoluent et ainsi de suite. D'où cet arbre du vivant qu'esquissait déjà Darwin, grand penseur, dans ses carnets. En pratique, que cela signifie-t-il ? On peut figurer l'arbre ... Voir la vidéo
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le (3m30s)
