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Nombre de programmes trouvés : 13338
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le (8m42s)

1.8. Changer l’échelle du chemin

Dans la session précédente, je vous ai proposé de m'accompagner dans une balade sur l'ADN. En fait un parcours de la séquence avec un tracé de segments, dont l'orientation dépendait de la lettre courante de la séquence et on a vu que ceci nous permettait effectivement de tracer un chemin. Et nous avons vu aussi très vite que nous étions rejoints par des contraintes matérielles qui étaient la taille de l'écran, le nombre de pixels qu'on pouvait afficher sur un écran, qui nous interdisait a priori d'afficher le tracé de l'ADN d'un génome de plusieurs millions de caractères.Comment résoudre le ...
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le (6m51s)

1.7. Promenade sur l’ADN

Quand les biologistes se sont trouvés confrontés au premier texte génomique, dans la deuxième moitié des années 70, ils ont été quelque peu désemparés. On peut le comprendre. Encore une fois, regardez une petite portion d'un texte de génome bactérien ici. Suite de lettres - C, G, et cetera. - pas d'espaces, pas de ponctuation, pas de marqueurs. Et pourtant on sait que cette séquence qui porte l'information génétique a un sens puisque l'organisme vivant existe, se développe, se reproduit. Comment retrouver ce sens ?Au tout début, tout était bon, on a fait feu de tout bois. Un exemple : ...
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le (7m32s)

1.9. Prédire l’origine de réplication

Nous avons écrit un algorithme sympathique en ce qu'il dessine un chemin conforme à la succession des lettres d'une séquence génomique. Cet algorithme simple, au-delà du dessin qu'il produit, est-il susceptible de produire des résultats interprétables par un biologiste ? La réponse est oui. Nous allons l'appliquer sur une séquence de bactéries et voir qu'effectivement des dessins produits sont assez surprenants. Mais avant cela, il faut revenir sur le code de notre algorithme. La raison en est la suivante.Rappelez-vous, nous avons une fenêtre de longueur fixe, longueur L, que l'on fait progresser sur une séquence génomique de longueur connue. Et ...
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le (6m45s)

1.10. Des fenêtres glissantes et recouvrantes

Notre sympathique algorithme de balade sur l'ADN, a permis de mettre en évidence des biais de composition de séquences, a fait apparaître sur le tracé un point de rebroussement que l'on peut interpréter comme étant l'origine de réplication. On peut donc être fier d'avoir un algorithme qui serait capable de prédire l'origine de réplication sur un génome bactérien. Alors il faut toujours rester très modeste en bio-informatique tout simplement parce qu'on a affaire à des situations biologiques, et que la variabilité des situations biologiques est très élevée. J'en donne pour preuve l'application de ce même algorithme tracé sur le génome ...
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le (6m46s)

2.1. La séquence est-elle un bon modèle de l’ADN ?

L'ADN porte l'information génétique, plus précisément l'ADN porte les gènes, c'est-à-dire les régions de cette molécule qui portent l'information utilisée par la cellule pour synthétiser les protéines. Durant cette partie, nous allons nous intéresser plus particulièrement aux gènes et aux protéines et aux liens entre gènes et protéines, ce qu'on appelle la traduction. Mais dans un premier temps, je vous propose de revenir sur la question de la représentation de la molécule d'ADN par une simple chaîne de caractères. Parce que on l'a vu, l'ADN est d'abord un objet biologique chimique. C'est une longue molécule appelée souvent macro molécule, elle ...
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le (6m12s)

2.6. Algorithmes + structures de données = programmes

En écrivant le code de la fonction, qui recherche un triplet dans le tableau qui implémente le code génétique, nous avons terminé et obtenu un algorithme de traduction d'une séquence d'ADN, voire d'ARN, en protéines. Arrêtons-nous quelques instants pour évaluer la qualité de cet algorithme, et en particulier ses performances. Cet algorithme termine-t-il ? Oui. Est-il pertinent ? Oui, dans le sens qu'il effectue effectivement ce qu'on attend de lui, à savoir prendre une séquence dans un alphabet de 4 lettres, grouper chacune de ces lettres 3 par 3, rechercher pour chaque triplet dans le code génétique, plus exactement dans le ...
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le (4m8s)

2.9. Le séquençage de génomes complets

Les progrès dans les technologies de séquençage ont permis d'aborder le séquençage complet de génome. Là encore, les progrès ont été spectaculaires. Prenons l'exemple du projet de séquençage de la bactérie Bacillus subtilis. A l'époque, ce projet s'est étalé de 1989 à 1998. Il a impliqué 35 laboratoires et un financement européen d'importance. Aujourd'hui, séquencer ce même génome coûterait quelques centaines d'euros et se ferait probablement en moins d'une journée. Autre exemple spectaculaire et qui a été largement médiatisé, le séquençage du premier génome humain. De 1990 à 2003, il a coûté 2,7 milliards de dollars de l'époque, des dollars de ...
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le (7m53s)

2.3. Le code génétique

Gènes et protéines, mais qu'est-ce qu'une protéine ? Une protéine, c'est également une molécule qui est constituée d'une succession de ce que l'on appelle les acides aminés. C'est donc une chaîne d'acides aminés qui sont des motifs chimiques élémentaires. Il existe 20 acides aminés distincts. Chacun de ces acides aminés peut être désigné soit par son nom complet, soit par un nom à 3 lettres, soit par un nom simple à une seule lettre. Conséquence : une protéine peut, au niveau le plus primaire, être modélisée elle aussi par une chaîne de caractères. Mais cette chaîne de caractères est écrite ...
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le (6m59s)

2.4. Un algorithme de traduction

Une protéine, en tant que succession d'acides aminés, peut-être vue comme le résultat d'un processus de traduction d'une chaîne de caractères écrite dans un alphabet de 4 lettres en une autre chaîne de caractères écrite en un l'alphabet de 20 lettres. La correspondance entre ces 2 chaînes, la table qui permet de passer de l'une à l'autre, est le code génétique. Code génétique qu'on retrouve quasi identique chez tous les organismes vivants. Donc, si maintenant on regarde à nouveau ce processus de transcription et traduction au niveau vraiment de la chaîne de caractères en détails, que voit-on ? Voilà un gène. ...
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le (5m6s)

2.5. Implémenter le code génétique

Nous avons écrit le corps de l'algorithme de traduction, et nous avons fractionné la complexité d'écriture de cet algorithme en faisant appel à une fonction qui recherche dans le tableau, qui représente le code génétique, un triplet donné et renvoie l'acide aminé. Nous avons donc obtenu cette première version de l'algorithme et qui, encore une fois, est une version très partielle puisque il nous faut maintenant écrire cette fonction de recherche dans le tableau qui représente le code génétique. Regardons à nouveau ce tableau. Ici, il est écrit sous la forme d'un tableau ici à 2 colonnes et 64 lignes. ...
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FMSH
 
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