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Résultats de recherche

Nombre de programmes trouvés : 305
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le (6m46s)

2.1. La séquence est-elle un bon modèle de l’ADN ?

L'ADN porte l'information génétique, plus précisément l'ADN porte les gènes, c'est-à-dire les régions de cette molécule qui portent l'information utilisée par la cellule pour synthétiser les protéines. Durant cette partie, nous allons nous intéresser plus particulièrement aux gènes et aux protéines et aux liens entre gènes et protéines, ce qu'on appelle la traduction. Mais dans un premier temps, je vous propose de revenir sur la question de la représentation de la molécule d'ADN par une simple chaîne de caractères. Parce que on l'a vu, l'ADN est d'abord un objet biologique chimique. C'est une longue molécule appelée souvent macro molécule, elle ...
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le (6m58s)

2.7. The algorithm design trade-off

We saw how to increase the efficiencyof our algorithm through the introduction of a data structure. Now let's see if we can do even better. We had a table of index and weexplain how the use of these small arrays allowed us to increase the efficiency that is to reduce the number of comparison to be executed when looking up a triplet in the genetic code. Now what I propose is an alternative to this data structure, it's to compute the indexes. OK. So we have this algorithm which uses here a function. You are now familiar with thisnotion of function, the idea is to fragment the complexity ofan algorithm ...
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le (6m59s)

4.9. Recursion can be avoided: an iterative version

We have written a recursive function to compute the optimal path that is an optimal alignment between two sequences. Here all the examples I gave were onDNA sequences, four letter alphabet. OK. The writing of this recursive function is very elegant but unfortunately we will see now that it isnot very efficient in execution time. Let's see why. Remember the computing schema weapply during the recursion, for example here, to compute the cost of this node, we saw that it was required to computerecursively the cost of that node, that node and that node. OK but to compute the cost of that node here, you need to compute the cost ...
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le (6m59s)

2.4. Un algorithme de traduction

Une protéine, en tant que succession d'acides aminés, peut-être vue comme le résultat d'un processus de traduction d'une chaîne de caractères écrite dans un alphabet de 4 lettres en une autre chaîne de caractères écrite en un l'alphabet de 20 lettres. La correspondance entre ces 2 chaînes, la table qui permet de passer de l'une à l'autre, est le code génétique. Code génétique qu'on retrouve quasi identique chez tous les organismes vivants. Donc, si maintenant on regarde à nouveau ce processus de transcription et traduction au niveau vraiment de la chaîne de caractères en détails, que voit-on ? Voilà un gène. ...
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le (7m7s)

3.7. Index and suffix trees

We have seen with the Boyer-Moore algorithm how we can increase the efficiency of spin searching through the pre-processing of the pattern to be searched. Now we will see that an alternative way of improving the performance is to pre-process the text itself,the searchable text itself and we will, for that, study two methods, the construction of indexes of fixed length words and the algorithm which uses prefix trees. An index of fixed lengthword, what does it mean? Imagine you have a text, a searchable text, that is a text in which you want to search a pattern,here is quite a short text, the sequence is 14 correctors. We will ...
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le (7m8s)

4.10. Cet algorithme est-il efficace ?

La version itérative de notre algorithme d'alignement optimal de séquences est indéniablement beaucoup plus efficace que sa version récursive, puisque nous avons vu qu'il permettait d'éviter que le coût d'un même nœud soit réévalué plusieurs fois.Mais qu'en est-il véritablement de l'efficacité de cet algorithme ? Eh bien encore une fois, pour mesurer les performances en temps d'un algorithme, les informaticiens ne font pas de chronométrage, ils calculent le nombre d'opérations qui doivent être effectuées pour que l'algorithme aboutisse à son résultat. Ici dans le cadre de cet algorithme de Needleman et Wunsch qu'ils ont proposé en 1970, on voit vite ...
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