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Résultats de recherche

Nombre de programmes trouvés : 338
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le (4m27s)

1.6. Contenu en G-C et A-T des séquences

Les algorithmes qui travaillent sur les séquences génomiques, sur les textes génomiques, doivent produire des résultats interprétables et utiles aux biologistes. Nous allons voir que même sur l'algorithme très simple que nous avons construit de comptage de nucléotides, eh bien cet algorithme produit des résultats qui ont effectivement Revenons sur cet algorithme. Souvenez-vous : déclaration des variables, des entités, que nous allons manipuler dans l'algorithme, initialisation de ces variables. Si vous n'initialisez pas les variables correctement, les comptages ne partiront pas de la bonne valeur. Donc initialisation des variables. Et ensuite, les instructions proprement dites. Ici, identification "Est-ce que c'est ...
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le (4m28s)

2.7. Les compromis de la conception d’algorithmes

La mise en oeuvre d'une structure de données appropriée permet, nous l'avons vu, d'améliorer les performances d'algorithmes. Nous en avons vu l'exemple sur la recherche d'un triplet dans un tableau de code génétique, quand nous avons ajouté ces tables d'index, nous avons vu que nous avons diminué de façon tout à fait significative, le nombre de comparaisons à effectuer. Je vous propose maintenant une autre approche où les index ne sont pas sous forme de table mais sont calculés. Il faut que vous vous souveniez de la manière dont le tableau est organisé. D'abord tous les triplets qui commencent par ...
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le (4m31s)

4.5. Un alignement de séquences vu comme un chemin dans une grille

Pour comparer deux séquences entre elles, il faut donc les aligner. Aligner ces deux séquences suppose faire des hypothèses d'insertion, délétion, aux bons endroits. Ça signifie, d'un point de vue séquence de caractères, insérer des caractères "blank", le tiret, aux endroits appropriés. Approprié dans quel sens ? Au sens que la distance entre les deux séquences soit minimale. On appliquera le même processus pour toute perte de séquence, et systématiquement, on retiendra comme étant la mesure de similarité, la distance minimale entre cette paire de séquences. Comment déterminer ces endroits d'insertion, de délétion, comment émettre ces hypothèses d'insertion, délétion et ...
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Conférences

le (4m32s)

Da "Patrizia Vicinelli" a "Evasione", il mio percorso attraverso la poesia d'azione / Jonida Prifti

Da "Patrizia Vicinelli" a "Evasione", il mio percorso attraverso la poesia d'azione / Jonida Prifti, conférence performance, in Journées d'études "Opera contro. L’œuvre de rupture sur la scène italienne contemporaine, de 1960 à nos jours", organisées, sous la responsabilité scientifique de Margherita Orsino et Antonella Capra, par Il Laboratorio et l'Institut de Recherche Pluridisciplinaire en Arts Lettres Langues (IRPALL) de l'Université Toulouse Jean Jaurès, 26-27 mars 2015. Thématique : Corps à corps : poésie sonore, action, performance.« L’autrice ha presentato il suo saggio “Patrizia Vicinelli. La poesia e l’azione” ed eseguito una performance. La sua poetica è stato ...
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le (4m32s)

4.1. Comment prédire les fonctions des gènes/protéines ?

Après avoir regardé dans les yeux, les semaines précédentes, l'ADN, vu comment cet ADN par séquençage produisait des textes, des séquences génomiques, étudié la relation entre gènes et protéines, gènes portant l'information qui est utilisée par la cellule pour produire une ou plusieurs protéines, et s'étant intéressés à la prédiction de gènes, c'est-à-dire à la prédiction de la localisation des gènes sur les séquences d'ADN. La question suivante à aborder est : comment prédire la fonction de ces gènes et de ces protéines ? Quels rôles dans la cellule jouent les protéines codées par les gènes ? En pratique, il ...
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le (4m40s)

4.7. Coûts et alignement

Nous avons vu l'ébauche de notre algorithme d'alignement optimal en considérant la possibilité de calculer le coût optimal, ou score optimal, de ce dernier noeud. Et nous avons vu que le coût de ce dernier noeud, si les coûts de ces trois noeuds-là étaient connus comme étant optimaux, eh bien le coût optimal de ce noeud était la plus petite de ces trois valeurs-là. C'est-à-dire la plus petite des 3 valeurs des chemins de longueur 1, ou celui-ci, ou celui-là, ou celui-là. Il nous faut maintenant regarder d'un peu plus près ce que sont ces coûts qui figurent sur le ...
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le (4m45s)

3.5. Comment améliorer la qualité des prédictions ?

Il faut toujours le répéter et le souligner, les algorithmes qui déterminent des gènes déterminent des gènes candidats. Ce sont des prédictions de gènes. Donc la question est de savoir s'il est éventuellement possible d'améliorer nos algorithmes de façon à améliorer la qualité de nos prédictions. Nous allons voir qu'il y a en restant dans la même logique de notre algorithme précédent, effectivement la possibilité d'améliorer la qualité, la prédiction de régions codantes sur un brin d'ADN. Pour ce faire, il nous faut introduire une notion de biologie moléculaire importante qui est le ribosome. De quoi s'agit-il ? Vous avez ici ...
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le (4m47s)

3.1. Tous les gènes se terminent sur un codon stop

Une fois la séquence d'un génome complet obtenue, débute la phase d'annotation. L'annotation elle-même consiste tout d'abord à rechercher la localisation, c'est-à-dire la position des gènes sur cette séquence. Cette semaine, nous allons nous intéresser à la prédiction des gènes, nous allons étudier un algorithme de prédiction de gènes sur des séquences génomiques procaryotes, nous allons essayer d'améliorer la qualité de ces prédictions en ayant recours à des additifs à notre algorithme, recherches de certains motifs supplémentaires, éventuellement recours à des techniques probabilistes. Nous allons chercher à voir comment on peut comparer la qualité des prédictions de différentes méthodes, et ...
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le (4m47s)

3.8. Des méthodes probabilistes à la rescousse

Nous avons vu comment la qualité des prédictions de gènes dans un génome bactérien, pouvait être améliorée à travers la recherche d'occurrences de motifs particuliers liés au site de fixation du ribosome, le fameux site RBS.Il n'en reste pas moins que ces prédictions de gènes, basée uniquement sur la recherche de motifs, sont insuffisantes pour produire des prédictions de qualité satisfaisante. Les bio informaticiens complètent donc cette approche-là par des approches probabilistes qui permettent de tester le caractère codant, ou non codant, de la région prédite. Voyons de plus près comment ces méthodes fonctionnent.Pour ce faire je vais prendre un ...
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