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Nombre de programmes trouvés : 343
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le (7m8s)

4.10. Cet algorithme est-il efficace ?

La version itérative de notre algorithme d'alignement optimal de séquences est indéniablement beaucoup plus efficace que sa version récursive, puisque nous avons vu qu'il permettait d'éviter que le coût d'un même nœud soit réévalué plusieurs fois.Mais qu'en est-il véritablement de l'efficacité de cet algorithme ? Eh bien encore une fois, pour mesurer les performances en temps d'un algorithme, les informaticiens ne font pas de chronométrage, ils calculent le nombre d'opérations qui doivent être effectuées pour que l'algorithme aboutisse à son résultat. Ici dans le cadre de cet algorithme de Needleman et Wunsch qu'ils ont proposé en 1970, on voit vite ...
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le (7m16s)

5.7. Les applications en microbiologie

Une très grande diversité, on l'a vu, d'algorithmes en bio-informatique, motivé par la résolution de problèmes différents. Ces algorithmes, ces recherches en bio-informatique, s'appuient sur des domaines des mathématiques et de l'informatique. De très nombreux domaines sont ainsi impliqués. Je n'en fait pas ici la liste exhaustive mais je vais citer, bien entendu, l'algorithmique en tant que tel sur les chaînes de caractères, nous l'avons vu, mais également sur les arbres, nous l'avons vu, sur les arbres phylogénétiques. Également sur les réseaux, ces réseaux de gènes ou réseaux métaboliques. Probabilité statistique. Nous avons nommé les chaînes de Markov, les modèles ...
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le (7m32s)

1.9. Prédire l’origine de réplication

Nous avons écrit un algorithme sympathique en ce qu'il dessine un chemin conforme à la succession des lettres d'une séquence génomique. Cet algorithme simple, au-delà du dessin qu'il produit, est-il susceptible de produire des résultats interprétables par un biologiste ? La réponse est oui. Nous allons l'appliquer sur une séquence de bactéries et voir qu'effectivement des dessins produits sont assez surprenants. Mais avant cela, il faut revenir sur le code de notre algorithme. La raison en est la suivante.Rappelez-vous, nous avons une fenêtre de longueur fixe, longueur L, que l'on fait progresser sur une séquence génomique de longueur connue. Et ...
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le (7m34s)

2.2. Les gènes, de Mendel à la biologie moléculaire

La séquence de caractères est un bon modèle de l'ADN, un des modèles possibles de l'ADN et il est bon parce qu'il est utile. On va voir en particulier que ce modèle simple peut servir de support à de la prédiction de gènes. On va pouvoir grâce à ce modèle-là, avec les algorithmes appropriés, trouver les gènes sur l'ADN. Et donc, surtout, sur la séquence qui représente cet ADN. Cette notion de gènes, qui s'impose actuellement comme étant la portion de l'ADN qui code pour les protéines, n'a pas toujours été connue en tant que telle. La première fois qu'on a ...
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le (7m53s)

2.3. Le code génétique

Gènes et protéines, mais qu'est-ce qu'une protéine ? Une protéine, c'est également une molécule qui est constituée d'une succession de ce que l'on appelle les acides aminés. C'est donc une chaîne d'acides aminés qui sont des motifs chimiques élémentaires. Il existe 20 acides aminés distincts. Chacun de ces acides aminés peut être désigné soit par son nom complet, soit par un nom à 3 lettres, soit par un nom simple à une seule lettre. Conséquence : une protéine peut, au niveau le plus primaire, être modélisée elle aussi par une chaîne de caractères. Mais cette chaîne de caractères est écrite ...
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