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Organisme privé, en grande partie financé par l'État (Ministère de la Culture et de la Communication via le Centre National de la Cinématographie), la Cinémathèque française est une association de type loi 1901, à but non lucratif.
Elle rassemble aujourd'hui près de 650 membres, personnes physiques ou morales, réalisateurs, comédiens, chercheurs, critiques, techniciens, cinéphiles, qui ont déposé ou fait don d'une œuvre ou d'un document cinématographique. L'adhésion permet aux déposants et donateurs de devenir membres de l'Assemblée Générale. Ils participent ainsi à l'élection tous les trois ans de la moitié renouvelable du Conseil d'administration de la Cinémathèque française.
Ce dernier comprend dix-huit membres élus par l'Assemblée Générale. Chaque administrateur dispose d'un mandat de six ans. L'Etat nomme trois personnalités qualifiées et est représenté par un Commissaire du Gouvernement (le Directeur Général du CNC) et un contrôleur financier.
Le Conseil d'Administration élit le Bureau composé du Président et du Trésorier (pour trois ans), et du ou des Vice-Présidents et Secrétaires (pour un an).
Le Directeur Général de la Cinémathèque française est nommé par le Conseil d'Administration sur proposition du Président, après agrément du Ministre de la Culture et de la Communication.
Les Statuts de l'association, modifiés lors de l'Assemblée Générale extraordinaire du 22 septembre 2003, ont permis la mise en place d'un comité financier, instance paritaire entre la Cinémathèque et l'Etat. Il est présidé par le président de la Cinémathèque française.