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1.9. Prédire l’origine de réplication


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Auteur(s) :
RECHENMANN Francois
PARMENTELAT Thierry

Producteur Canal-U :
Inria
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1.9. Prédire l’origine de réplication

Nous avons écrit un algorithme sympathique en ce qu'il dessine un chemin conforme à la succession des lettres d'une séquence génomique. Cet algorithme simple, au-delà du dessin qu'il produit, est-il susceptible de produire des résultats interprétables par un biologiste ? La réponse est oui. Nous allons l'appliquer sur une séquence de bactéries et voir qu'effectivement des dessins produits sont assez surprenants. Mais avant cela, il faut revenir sur le code de notre algorithme. La raison en est la suivante.
Rappelez-vous, nous avons une fenêtre de longueur fixe, longueur L, que l'on fait progresser sur une séquence génomique de longueur connue. Et à chaque fois, pour chaque position de la fenêtre, nous calculons le nombre de A, de C, de G et de T présents dans la fenêtre, nous en déduisons les coordonnées de l'extrémité du segment à tracer, nous traçons le segment et nous faisons avancer la fenêtre de sa propre longueur. Nous arrivons à la fin de la séquence...


ERRATUM

Une correction a été apportée dans l'algorithme présenté dans les slides 2 et 3 (cf. onglet Erratum pour plus de détails).

 

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