Infrastructure PNDB, ouverture et FAIRisation des données et codes sources utilisés dans les domaines de la Biodiversité

L'infrastructure virtuelle pôle national de données de Biodiversité propose des produits et services autour de la gestion et de l'analyse des données de biodiversité. A travers sa participation aux actions nationales autour de la science ouverte et recherche data gouv notamment et son implication dans les initiatives internationales telles que EOSC, GO FAIR ou GEO BON, le PNDB met en avant l'utilisation de standards internationaux et de solutions logicielles issues de projets collaboratifs open source de premiers plan. Ainsi, l'utilisation de l'Ecological Metadata Language comme format pivot de métadonnées facilite la description de tous type de données brutes tout en permettant une description fine des variables primaires enregistrées et leur lien vers des ressources terminologiques.

Sur le volet analyse, le recours à l'écosystème existant autour de la plateforme Galaxy permet de rendre accessible et reproductible tous type de processus analytique, tout en fournissant un moteur de workflow particulièrement efficace et l'accés dynamique à des ressources de calcul HPC, cloud et GPU qui peuvent être distribuées géographiquement.

Enfin, via les bonnes pratiques "Gallantries" (mix de data/software carpentries et Galaxy) et les outils et services du réseau mondial DataOne, le PNDB propose des supports de formation hautement accessible, réutilisables et un cadre complet permettant d'accompagner les utilisateurs vers la FAIRisation de leurs données.