Déploiement d'applications containerisés avec VIP sur EGI

Déploiement d'applications containerisés avec VIP sur EGI 

La plateforme d'imagerie virtuelle (VIP) exploite les ressources disponibles dans l'organisation virtuelle biomed d'EGI pour permettre aux chercheurs académiques du monde entier d'utiliser des applications d'imagerie médicale facilement et gratuitement. VIP s'appuie sur Boutiques pour faciliter l'installation et le partage des applications, celles-ci étant packagées dans des containers et décrites dans un langage JSON riche et flexible.

Les conteneurs Docker sont aujourd'hui très populaires, mais le service Docker nécessite des privilèges root, empêchant son support sur les infrastructures HPC et HTC. Singularity a émergé comme une alternative permettant aux utilisateurs d'exécuter des conteneurs sans privilèges root. Cependant, sur une infrastructure très vaste et hétérogène telle qu'EGI, les fournisseurs de ressources peuvent avoir différentes versions et configurations de Singularity, ce qui peut entraver le déploiement transparent d'applications basées sur des conteneurs. Une autre alternative est udocker, qui est un outil qui peut être installé à la volée pour l'exécution de conteneurs dans l'espace utilisateur sans nécessiter de privilèges root.

Enfin, la disponibilité de l'image du conteneur sur le nœud de travail EGI est également importante. Le téléchargement d'une image publique à partir d'un repository central peut entraîner des problèmes de réseau s'il est fait en même temps sur de nombreuses machines en parallèle sur un même cluster. Une alternative consiste à pré-déployer des images sur le dossier partagé biomed de CVMFS (CernVM File System), couramment utilisé pour le déploiement de logiciels dans EGI. Une autre alternative (pas encore disponible au moment où nous écrivons ce résumé) serait un repository EGI dédié. Ils ont tous deux leurs avantages et leurs limites, qui seront discutés plus en détail dans cette lightning talk et sur le poster.

Cette lightning talk s'appuyant sur un poster présentera donc le travail réalisé sur VIP concernant le déploiement et l'exécution d'applications containerisés sur l'infrastructure HTC d'EGI, ainci que les conclusions à en tirer.

Références:

1. VIP : https://hal.archives-ouvertes.fr/inserm-00762497

2. Udocker : https://github.com/indigo-dc/udocker

3. Boutiques : https://academic.oup.com/gigascience/article/7/5/giy016/4951979