Développement d'un indice génétique de fragmentation des habitats aquatiques : de la théorie à un outil opérationnel

5e colloque des Zones Ateliers – CNRS 

2000-2020, 20 ans de recherche du Réseau des Zones Ateliers

SESSION 7 -Trajectoires des hydrosystèmes,entre artificialisation et renaturation

Développement d'un indice génétique de fragmentation des habitats aquatiques : de la théorie à un outil opérationnel (ZA PYGAR)

Simon Blanchet ∗ 1, Jérôme Prunier 2, Nicolas Poulet 3, Vincent Dubut 4

1  Station d’EcologieThéorique et Expérimentale  du CNRS àMoulis (SETE) –  CNRS : UMR5321 –  2 route du CNRS,  F-09200 Moulis, France

2  Station d’EcologieThéorique et Expérimentale  du CNRS àMoulis –  CNRS : UMR5321 –  France

3  Office français dela biodiversité –  Office Francais de laBiodiversité  (OFB)  – France

4  Institutméditerranéen  de biodiversité etd´cologie  marine et continentale –  Avignon Université : UMR7263,  Aix Marseille Université : UMR7263,  Institut de recherche pour ledéveloppement  [IRD] : UMR237 :UMR7263,  Centre National de la RechercheScientifique : UMR7263 –  France

Résumé

Lafragmentation par les barrières artificielles est une menace importante pour la biodiversité deseaux douces.  Atténuer les conséquences négatives de la fragmentation est primmordial et ilest désormais essentiel pour les gestionnaires de l’environnement de bénéficier d’une estimation précise de l’impact individuel des seuils et barrages sur la continuité écologique en rivière. Bien quel’estimation indirecte de la continuité écologique à l’aide de données moléculaires constitue une approche prometteuse, elle reste confrontée à plusieurs contraintes empêchant une quantifi-cation standardisée et individuelle des effets des barrières. En effet, les niveaux de différenciation génétique observés de part et d’autre des obstacles dépendent  à la fois de l’âge de l’obstacle etde la taille effective des populationsqu’il  sépare,  ce qui rend difficiles les comparaisons entre les obstacles.  Ici,nous avons développéen partenariat avec les gestionnaires de l’environnement un indice normalisé de connectivité génétique(FINDEX),  permettant une évaluation absolueet indépendante des effets individuels des obstacles sur la continuité écologique. Le FINDEX est le rapport standardisé (exprimé  en pourcentage)  entre la différenciationgénétique observée entre des paires de populations situéesde part et d’autre  d’unobstacle et la différenciation génétiqueattendue si cet obstacle empêchait complètement  le flux génétique.  La différenciation génétique attendue est calculée à partir de simulationsprenant en compte à la fois l’âge de la barrière et la taille effective des populations ciblées.  À l’aide d’ensembles dedonnées empiriques simulés et empiriques, nous avons testé la validitéet évaluer les limites du FINDEX. Nous avons démontré qu’il permet de quantifier les effets génétiques de la fragmentation seulement quelquesgénérations après la créationde la barrière et qu’il fournit des comparaisons valables entre des populations (ou espèces) de différentes taillesde population efficaces et des obstacles d’âges  différents.  Le calcul du FINDEX nécessite peu de travail de terrain et peu de donnéesgénotypiques.  Cela fait duFINDEX un outil prometteur pour les gestionnaires afin de restaurerla connectivité  et à évaluer l’efficacité des programmes de restauration. Lors de cette présentationnous présenterons ledévelopement de cet indice et comment il sera utilisédans une étude multidisciplinaire en cours.

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Programme et recueil des résumés à télécharger dans l'onglet documents ci-dessus.

Toutes les informations sur le site du colloque :

https://20ans-rza.sciencesconf.org/resource/page/id/5