Thierry Parmentelat

Parmentelat, Thierry (19..-....)

France
Date de naissance
19XX
Langues d'expression
français
Spécialisé en Biologie cellulaire & Outils, méthode et techniques scientifiques & Informatique

Thierry Parmentelat a mené une carrière hybride entre les mondes académique et industriel. Ses centres d'intérêt couvrent les langages de programmation, les réseaux, et l'algèbre. Actuellement ingénieur de recherche chez Inria, Thierry Parmentelat utilise Python depuis plus de 10 ans pour ses travaux de recherche, ainsi que pour le développement des plateformes expérimentales dont il a la charge.

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5.6. La diversité des algorithmes informatiques
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00:07:56
5.6. La diversité des algorithmes informatiques
Rechenmann
François
Parmentelat
Thierry

Nous n'avons vu dans ce cours qu'un exemple extrêmement réduit d'algorithme bio informatique. Il existe en effet une très grande diversité de ces algorithmes bio informatiques qui sont motivés par l

5.2. L’arbre, objet abstrait
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00:03:11
5.2. L’arbre, objet abstrait
Rechenmann
François
Parmentelat
Thierry

Vous l'aurez compris un arbre phylogénétique est un arbre abstrait qui n'a qu'un lointain rapport métaphorique avec un véritable arbre. L'arbre des bio-informaticiens et des informaticiens se

4.8. Un algorithme récursif
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00:06:17
4.8. Un algorithme récursif
Rechenmann
François
Parmentelat
Thierry

Nous avons désormais en main tous les éléments pour écrire notre algorithme de détermination d'un alignement optimal, ici d'un chemin optimal. Avec les notations que nous avons introduites, je vous

4.7. Coûts et alignement
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00:04:39
4.7. Coûts et alignement
Rechenmann
François
Parmentelat
Thierry

Nous avons vu l'ébauche de notre algorithme d'alignement optimal en considérant la possibilité de calculer le coût optimal, ou score optimal, de ce dernier noeud. Et nous avons vu que le coût de ce

4.4. L’alignement de séquences devient un problème d’optimisation
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00:04:09
4.4. L’alignement de séquences devient un problème d’optimisation
Rechenmann
François
Parmentelat
Thierry

La distance de Hamming nous donne une première possibilité de mesurer la similarité entre 2 séquences. Mais elle ne reflète pas suffisamment la réalité biologique. Qu'est-ce que j'entends par là ? On

5.1. L’arbre des espèces
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00:05:03
5.1. L’arbre des espèces
Rechenmann
François
Parmentelat
Thierry

Dans cette cinquième et dernière partie de notre cours sur le génome et les algorithmes, qui se veut une introduction à l'analyse informatique de l'information génétique, nous regarderons de plus près

5.5. Quand les différences sont trompeuses
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00:05:52
5.5. Quand les différences sont trompeuses
Rechenmann
François
Parmentelat
Thierry

Il y a plusieurs raisons pour lesquelles la méthode UPGMA, que nous venons de voir, se révèle simpliste. L'une des raisons par exemple, c'est pourquoi quand on recalcule les distances, quand on a

4.10. Cet algorithme est-il efficace ?
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00:07:07
4.10. Cet algorithme est-il efficace ?
Rechenmann
François
Parmentelat
Thierry

La version itérative de notre algorithme d'alignement optimal de séquences est indéniablement beaucoup plus efficace que sa version récursive, puisque nous avons vu qu'il permettait d'éviter que le

5.4. L’algorithme UPGMA
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00:05:15
5.4. L’algorithme UPGMA
Rechenmann
François
Parmentelat
Thierry

L'algorithme, que nous allons étudier pour la reconstruction d'arbres phylogénétiques à partir des distances, s'appelle UPGMA. Un nom plutôt compliqué pour une méthode qui est plutôt simple. Et même,

4.3. Quantifier la similarité de deux séquences
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00:03:01
4.3. Quantifier la similarité de deux séquences
Rechenmann
François
Parmentelat
Thierry

Le principe est donc de rechercher, dans les bases de données, des séquences similaires à celles que nous sommes en train d'étudier. Nous faisons aussi l'hypothèse que plus les séquences sont

4.6. Si un chemin est optimal, tous ses chemins partiels sont optimaux
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00:03:29
4.6. Si un chemin est optimal, tous ses chemins partiels sont optimaux
Rechenmann
François
Parmentelat
Thierry

Nous cherchons à concevoir un algorithme capable de déterminer l'alignement optimal de 2 séquences. Et nous avons vu que ça revient à chercher un algorithme qui recherche un chemin optimal dans une

4.2. Évolution et similarité de séquences
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00:03:43
4.2. Évolution et similarité de séquences
Rechenmann
François
Parmentelat
Thierry

Avant de chercher à quantifier ce qu'est la similarité de séquence, on peut se poser la question même de savoir pourquoi des séquences de génome sont similaires entre organismes. La réponse tient dans

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