Notice
3.8. Des méthodes probabilistes à la rescousse
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Descriptif
Nous avons vu comment la qualité des prédictions de gènes dans un génome bactérien, pouvait être améliorée à travers la recherche d'occurrences de motifs particuliers liés au site de fixation du ribosome, le fameux site RBS.
Il n'en reste pas moins que ces prédictions de gènes, basée uniquement sur la recherche de motifs, sont insuffisantes pour produire des prédictions de qualité satisfaisante. Les bio informaticiens complètent donc cette approche-là par des approches probabilistes qui permettent de tester le caractère codant, ou non codant, de la région prédite. Voyons de plus près comment ces méthodes fonctionnent.
Pour ce faire je vais prendre un exemple qui n'a rien à voir avec la génomique. Un exemple tout à fait hypothétique mais intéressant dans son principe. Supposons donc que vous disposiez d'un texte. écrit à l'aide des 26 lettres de notre alphabet habituel, et la majorité de ce texte est écrit de façon aléatoire. Les lettres apparaissent au hasard, sauf sur certains passages qui sont écrits dans un langage, c'est-à-dire une langue humaine, parlée. Est-il possible de détecter automatiquement ces passages ? La réponse est oui en utilisant le fait que la répartition des lettres, la fréquence des lettres dans un texte écrit dans une langue naturelle, telle que le français ou l'anglais n'est évidemment pas aléatoire. Qui plus est on connaît par des études statistiques, les probabilités d'occurrence, par exemple de la lettre E en français ou la lettre W en français comme en anglais...
Intervention
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