Francois Rechenmann

Rechenmann, François (19..-....)

France
Date de naissance
19XX
Langues d'expression
français
Ingénieur et Docteur-Ingénieur en informatique, chercheur au centre Inria Grenoble – Rhône-Alpes (2015)

Ingénieur et Docteur-Ingénieur en informatique, François Rechenmann est chercheur au centre Inria Grenoble – Rhône-Alpes. Il y exerce ses activités à l’interface de l’informatique et des sciences du vivant en contribuant plus particulièrement au développement de méthodes et de logiciels pour l’analyse des séquences génomiques des microorganismes. Cofondateur de la société Genostar, qui propose des solutions bioinformatiques aux industries pharmaceutiques, agroalimentaires et biotechnologiques, il en est le conseiller scientifique. Très impliqué dans les actions de médiation scientifique, François Rechenmann est le responsable scientifique du site Interstices dont l’objectif est d’expliquer l’informatique en tant que domaine de recherche.

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5.6. La diversité des algorithmes informatiques
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5.6. La diversité des algorithmes informatiques
Rechenmann
François
Parmentelat
Thierry

Nous n'avons vu dans ce cours qu'un exemple extrêmement réduit d'algorithme bio informatique. Il existe en effet une très grande diversité de ces algorithmes bio informatiques qui sont motivés par l

4.8. Un algorithme récursif
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4.8. Un algorithme récursif
Rechenmann
François
Parmentelat
Thierry

Nous avons désormais en main tous les éléments pour écrire notre algorithme de détermination d'un alignement optimal, ici d'un chemin optimal. Avec les notations que nous avons introduites, je vous

5.2. L’arbre, objet abstrait
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5.2. L’arbre, objet abstrait
Rechenmann
François
Parmentelat
Thierry

Vous l'aurez compris un arbre phylogénétique est un arbre abstrait qui n'a qu'un lointain rapport métaphorique avec un véritable arbre. L'arbre des bio-informaticiens et des informaticiens se

5.5. Quand les différences sont trompeuses
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5.5. Quand les différences sont trompeuses
Rechenmann
François
Parmentelat
Thierry

Il y a plusieurs raisons pour lesquelles la méthode UPGMA, que nous venons de voir, se révèle simpliste. L'une des raisons par exemple, c'est pourquoi quand on recalcule les distances, quand on a

4.7. Coûts et alignement
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4.7. Coûts et alignement
Rechenmann
François
Parmentelat
Thierry

Nous avons vu l'ébauche de notre algorithme d'alignement optimal en considérant la possibilité de calculer le coût optimal, ou score optimal, de ce dernier noeud. Et nous avons vu que le coût de ce

5.1. L’arbre des espèces
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00:05:03
5.1. L’arbre des espèces
Rechenmann
François
Parmentelat
Thierry

Dans cette cinquième et dernière partie de notre cours sur le génome et les algorithmes, qui se veut une introduction à l'analyse informatique de l'information génétique, nous regarderons de plus près

4.10. Cet algorithme est-il efficace ?
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00:07:07
4.10. Cet algorithme est-il efficace ?
Rechenmann
François
Parmentelat
Thierry

La version itérative de notre algorithme d'alignement optimal de séquences est indéniablement beaucoup plus efficace que sa version récursive, puisque nous avons vu qu'il permettait d'éviter que le

5.4. L’algorithme UPGMA
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5.4. L’algorithme UPGMA
Rechenmann
François
Parmentelat
Thierry

L'algorithme, que nous allons étudier pour la reconstruction d'arbres phylogénétiques à partir des distances, s'appelle UPGMA. Un nom plutôt compliqué pour une méthode qui est plutôt simple. Et même,

5.7. Les applications en microbiologie
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5.7. Les applications en microbiologie
Rechenmann
François
Parmentelat
Thierry

Une très grande diversité, on l'a vu, d'algorithmes en bio-informatique, motivé par la résolution de problèmes différents. Ces algorithmes, ces recherches en bio-informatique, s'appuient sur des

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