4. Comparaison de séquences

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Mise en ligne : 01 juin 2015
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4.1. Comment prédire les fonctions des gènes/protéines ?

Descriptif

Au sommaire de cette quatrième partie :   4.1. Comment prédire les fonctions des gènes/protéines ?  4.2. Évolution et similarité de séquences  4.3. Quantifier la similarité de deux séquences  4.4. L'alignement de séquences devient un problème d'optimisation  4.5. Un alignement de séquences vu comme un chemin dans une grille  4.6. Si un chemin est optimal, tous ses chemins partiels sont optimaux   4.7. Coûts et alignement   4.8. Un algorithme récursif  4.9. Eviter la récursivité : une version itérative   4.10. Cet algorithme est-il efficace ?

Vidéos

4.2. Évolution et similarité de séquences
Vidéo pédagogique
00:03:43
4.2. Évolution et similarité de séquences
Rechenmann
François
Parmentelat
Thierry

Avant de chercher à quantifier ce qu'est la similarité de séquence, on peut se poser la question même de savoir pourquoi des séquences de génome sont similaires entre organismes. La réponse tient dans

4.7. Coûts et alignement
Vidéo pédagogique
00:04:39
4.7. Coûts et alignement
Rechenmann
François
Parmentelat
Thierry

Nous avons vu l'ébauche de notre algorithme d'alignement optimal en considérant la possibilité de calculer le coût optimal, ou score optimal, de ce dernier noeud. Et nous avons vu que le coût de ce

4.8. Un algorithme récursif
Vidéo pédagogique
00:06:17
4.8. Un algorithme récursif
Rechenmann
François
Parmentelat
Thierry

Nous avons désormais en main tous les éléments pour écrire notre algorithme de détermination d'un alignement optimal, ici d'un chemin optimal. Avec les notations que nous avons introduites, je vous

4.10. Cet algorithme est-il efficace ?
Vidéo pédagogique
00:07:07
4.10. Cet algorithme est-il efficace ?
Rechenmann
François
Parmentelat
Thierry

La version itérative de notre algorithme d'alignement optimal de séquences est indéniablement beaucoup plus efficace que sa version récursive, puisque nous avons vu qu'il permettait d'éviter que le

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