4.4. L’alignement de séquences devient un problème d’optimisation
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Descriptif
La distance de Hamming nous donne une première possibilité de mesurer la similarité entre 2 séquences. Mais elle ne reflète pas suffisamment la réalité biologique. Qu'est-ce que j'entends par là ? On a parlé de mutations et nous avons vu qu'il y avait 3 types de mutation : les substitutions et les insertions délétions. Insertion dans une séquence, délétion dans l'autre et vice versa. Il faut tenir compte de cette catégorie de mutation, c'est pourquoi il nous faut changer notre manière effectivement d'évaluer la différence et à l'inverse la similarité entre 2 séquences. Prenons cet exemple de 2 séquences ici d'ADN. Si nous comptons les différences, nous en trouvons 10. Maintenant, on peut faire des hypothèses qui font que le nombre de différences va se retrouver considérablement réduit. On va faire l'hypothèse ici que ce G qui est là, dans cette deuxième séquence, résulte d'une insertion entre le T et le A qui est ici, insertion que je vais noter par ce caractère qu'on appelle caractère "blank", un tiret...
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