Vidéo pédagogique

4.6. Si un chemin est optimal, tous ses chemins partiels sont optimaux

Durée : 00:03:29 -Réalisation : 1 juin 2015 -Mise en ligne : 1 juin 2015
  • document 1 document 2 document 3
  • niveau 1 niveau 2 niveau 3
  • audio 1 audio 2 audio 3
Descriptif

Nous cherchons à concevoir un algorithme capable de déterminer l'alignement optimal de 2 séquences. Et nous avons vu que ça revient à chercher un algorithme qui recherche un chemin optimal dans une grille. Chemin optimal, c'est-à-dire de coût de score minimal. Pour bâtir cet algorithme, nous allons nous appuyer sur une propriété de ce chemin optimal qui est la suivante : si un chemin de longueur l est optimal, alors le chemin de longueur l-1 l'est aussi. Comment prouver cette propriété ? Très simplement en fait par l'absurde. C'est-à-dire qu'on va faire l'hypothèse contraire. C'est-à-dire que si le chemin de longueur L est optimal, il se peut que le chemin de longueur L-1, qu'il existe un chemin de longueur L-1 qui ne le soit pas. Et on arrivera à une contradiction. Ce qui va montrer par l'absurde, la véracité de cette affirmation-là. On voit également qu’un chemin de longueur L-1 correspond sur l'alignement à un alignement de longueur L-1 également. Correspondance, on l'avait vu, entre alignement et chemin...

Intervenant
Thème
Notice
Sous-titrage
Sous-titre
Langue :
Français
Crédits
François Rechenmann (Intervenant), Thierry Parmentelat (Intervenant)
Conditions d'utilisation
Ces ressources de cours sont, sauf mention contraire, diffusées sous Licence Creative Commons. L’utilisateur doit mentionner le nom de l’auteur, il peut exploiter l’œuvre sauf dans un contexte commercial et il ne peut apporter de modifications à l’œuvre originale.
Citer cette ressource :
François Rechenmann, Thierry Parmentelat. Inria. (2015, 1 juin). 4.6. Si un chemin est optimal, tous ses chemins partiels sont optimaux. [Vidéo]. Canal-U. https://www.canal-u.tv/87357. (Consultée le 26 septembre 2023)
Contacter
Documentation

Dans la même collection

  • 4.8. Un algorithme récursif
    Vidéo pédagogique
    00:06:17
    4.8. Un algorithme récursif
    Rechenmann
    François
    Parmentelat
    Thierry

    Nous avons désormais en main tous les éléments pour écrire notre algorithme de détermination d'un alignement optimal, ici d'un chemin optimal. Avec les notations que nous avons introduites, je vous

  • 4.7. Coûts et alignement
    Vidéo pédagogique
    00:04:39
    4.7. Coûts et alignement
    Rechenmann
    François
    Parmentelat
    Thierry

    Nous avons vu l'ébauche de notre algorithme d'alignement optimal en considérant la possibilité de calculer le coût optimal, ou score optimal, de ce dernier noeud. Et nous avons vu que le coût de ce

  • 4.10. Cet algorithme est-il efficace ?
    Vidéo pédagogique
    00:07:07
    4.10. Cet algorithme est-il efficace ?
    Rechenmann
    François
    Parmentelat
    Thierry

    La version itérative de notre algorithme d'alignement optimal de séquences est indéniablement beaucoup plus efficace que sa version récursive, puisque nous avons vu qu'il permettait d'éviter que le

  • 4.2. Évolution et similarité de séquences
    Vidéo pédagogique
    00:03:43
    4.2. Évolution et similarité de séquences
    Rechenmann
    François
    Parmentelat
    Thierry

    Avant de chercher à quantifier ce qu'est la similarité de séquence, on peut se poser la question même de savoir pourquoi des séquences de génome sont similaires entre organismes. La réponse tient dans

Avec les mêmes intervenants

  • 5.6. La diversité des algorithmes informatiques
    Vidéo pédagogique
    00:07:56
    5.6. La diversité des algorithmes informatiques
    Rechenmann
    François
    Parmentelat
    Thierry

    Nous n'avons vu dans ce cours qu'un exemple extrêmement réduit d'algorithme bio informatique. Il existe en effet une très grande diversité de ces algorithmes bio informatiques qui sont motivés par l

  • 5.2. L’arbre, objet abstrait
    Vidéo pédagogique
    00:03:11
    5.2. L’arbre, objet abstrait
    Rechenmann
    François
    Parmentelat
    Thierry

    Vous l'aurez compris un arbre phylogénétique est un arbre abstrait qui n'a qu'un lointain rapport métaphorique avec un véritable arbre. L'arbre des bio-informaticiens et des informaticiens se

  • 4.8. Un algorithme récursif
    Vidéo pédagogique
    00:06:17
    4.8. Un algorithme récursif
    Rechenmann
    François
    Parmentelat
    Thierry

    Nous avons désormais en main tous les éléments pour écrire notre algorithme de détermination d'un alignement optimal, ici d'un chemin optimal. Avec les notations que nous avons introduites, je vous

  • 4.7. Coûts et alignement
    Vidéo pédagogique
    00:04:39
    4.7. Coûts et alignement
    Rechenmann
    François
    Parmentelat
    Thierry

    Nous avons vu l'ébauche de notre algorithme d'alignement optimal en considérant la possibilité de calculer le coût optimal, ou score optimal, de ce dernier noeud. Et nous avons vu que le coût de ce

  • 5.1. L’arbre des espèces
    Vidéo pédagogique
    00:05:03
    5.1. L’arbre des espèces
    Rechenmann
    François
    Parmentelat
    Thierry

    Dans cette cinquième et dernière partie de notre cours sur le génome et les algorithmes, qui se veut une introduction à l'analyse informatique de l'information génétique, nous regarderons de plus près

  • 5.5. Quand les différences sont trompeuses
    Vidéo pédagogique
    00:05:52
    5.5. Quand les différences sont trompeuses
    Rechenmann
    François
    Parmentelat
    Thierry

    Il y a plusieurs raisons pour lesquelles la méthode UPGMA, que nous venons de voir, se révèle simpliste. L'une des raisons par exemple, c'est pourquoi quand on recalcule les distances, quand on a

  • 4.10. Cet algorithme est-il efficace ?
    Vidéo pédagogique
    00:07:07
    4.10. Cet algorithme est-il efficace ?
    Rechenmann
    François
    Parmentelat
    Thierry

    La version itérative de notre algorithme d'alignement optimal de séquences est indéniablement beaucoup plus efficace que sa version récursive, puisque nous avons vu qu'il permettait d'éviter que le

  • 5.4. L’algorithme UPGMA
    Vidéo pédagogique
    00:05:15
    5.4. L’algorithme UPGMA
    Rechenmann
    François
    Parmentelat
    Thierry

    L'algorithme, que nous allons étudier pour la reconstruction d'arbres phylogénétiques à partir des distances, s'appelle UPGMA. Un nom plutôt compliqué pour une méthode qui est plutôt simple. Et même,

  • 5.7. Les applications en microbiologie
    Vidéo pédagogique
    00:07:15
    5.7. Les applications en microbiologie
    Rechenmann
    François
    Parmentelat
    Thierry

    Une très grande diversité, on l'a vu, d'algorithmes en bio-informatique, motivé par la résolution de problèmes différents. Ces algorithmes, ces recherches en bio-informatique, s'appuient sur des

  • 4.2. Évolution et similarité de séquences
    Vidéo pédagogique
    00:03:43
    4.2. Évolution et similarité de séquences
    Rechenmann
    François
    Parmentelat
    Thierry

    Avant de chercher à quantifier ce qu'est la similarité de séquence, on peut se poser la question même de savoir pourquoi des séquences de génome sont similaires entre organismes. La réponse tient dans

Sur le même thème