Notice
Apport de l'informatique à la génomique des cancers
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Descriptif
La plupart des gènes de notre génome sont présents endeux copies (une sur chaque chromosome homologue). Dans un génome tumoral, enrevanche, il est fréquent d'observer soit des pertes soit, au contraire, desamplifications du nombre de copie d'un gène, conduisant à la dérégulation desprocessus cellulaires et à la prolifération tumorale. Un mécanisme moléculaired'amplification, identifié chez le maïs dans les années 40, consiste dans lerepliement itératif de chromosomes anormaux, possédant deux centromères. Danscet exposé, on montre comment ce processus peut être formalisé par une"grammaire" simple et comment ses traces peuvent être observées dansles données expérimentales issues du séquençage de génomes tumoraux.
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2.5. Implémenter le code génétiqueRechenmannFrançoisParmentelatThierryNous avons écrit le corps de l'algorithme de traduction, et nous avons fractionné la complexité d'écriture de cet algorithme en faisant appel à une fonction qui recherche dans le tableau, qui 
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3.5. Comment améliorer la qualité des prédictions ?RechenmannFrançoisParmentelatThierryIl faut toujours le répéter et le souligner, les algorithmes qui déterminent des gènes déterminent des gènes candidats. Ce sont des prédictions de gènes. Donc la question est de savoir s'il est 
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4.9. Éviter la récursivité : une version itérativeRechenmannFrançoisParmentelatThierryLa fonction récursive que nous avons obtenue est d'un code assez compact et plutôt élégant, mais effectivement peu efficace. Pourquoi ? Rappelons son fonctionnement. Cette fonction est d'abord appelée 
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4.7. Coûts et alignementRechenmannFrançoisParmentelatThierryNous avons vu l'ébauche de notre algorithme d'alignement optimal en considérant la possibilité de calculer le coût optimal, ou score optimal, de ce dernier noeud. Et nous avons vu que le coût de ce 
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1.4. Qu’est-ce qu’un algorithme ?RechenmannFrançoisParmentelatThierryLes génomes peuvent donc être vus comme une longue suite de lettres écrites dans l'alphabet : A, C, G et T. Comment interpréter ces textes ? Ça va être le sujet de la bio-informatique à l'aide d 
 
 
  









