Notice
Apport de l'informatique à la génomique des cancers
- document 1 document 2 document 3
- niveau 1 niveau 2 niveau 3
Descriptif
La plupart des gènes de notre génome sont présents endeux copies (une sur chaque chromosome homologue). Dans un génome tumoral, enrevanche, il est fréquent d'observer soit des pertes soit, au contraire, desamplifications du nombre de copie d'un gène, conduisant à la dérégulation desprocessus cellulaires et à la prolifération tumorale. Un mécanisme moléculaired'amplification, identifié chez le maïs dans les années 40, consiste dans lerepliement itératif de chromosomes anormaux, possédant deux centromères. Danscet exposé, on montre comment ce processus peut être formalisé par une"grammaire" simple et comment ses traces peuvent être observées dansles données expérimentales issues du séquençage de génomes tumoraux.
Sur le même thème
-
Le projet dnarXiv : Stockage de données sur des molécules d'ADN
LAVENIER Dominique
DUPRAZ Elsa
LEBLANC Julien
COATRIEUX Gouenou
Dominique Lavenier, Elsa Dupraz, Julien Leblanc et Gouenou Coatrieux nous présentent le projet dnarXiv, un projet porté par le LabEx CominLabs qui explore le stockage de données sur des molécules d
-
21 Molecular Algorithms Using Reprogrammable DNA Self-Assembly
WOODS Damien
The history of computing tells us that computers can be made of almost anything: silicon, gears and levers, neurons, flowing water, interacting particles or even light. Although lithographically
-
Des métiers de la bio-informatique
Courtes vidéos pour sensibiliser le jeune public aux débouchés/métiers de la filière numérique et pour promouvoir les sciences du numérique, plus globalement les carrières scientifiques.L'objectif est
-
Reasoning over large-scale biological systems with heterogeneous and incomplete data
SIEGEL Anne
Data produced by the domain of life sciences in the next decade are expected to be highly challenging. In addition to scalability issues which are shared with other applications domains, data produced
-
Biological Networks Entropies: examples in neural, genetic and social networks
DEMONGEOT Jacques
The networks used in biological applications at different scales (molecular, cellular and populational) are of different types, genetic, neuronal, and social, but they share the same dynamical
-
Génomique et informatique
RISLER Jean-Loup
La presse généraliste, et bien entendu la presse spécialisée, se font régulièrement l'écho du séquençage complet d'un nouveau génome. Il est cependant impossible pour le grand public de se rendre
-
1.5. Compter les nucléotides
RECHENMANN François
PARMENTELAT Thierry
Notre premier algorithme vise assez simplement à compter les nucléotides d'une séquence génomique, autrement dit à compter les lettres dans une chaîne de caractères. En entrée, cette chaîne de
-
2.6. Algorithmes + structures de données = programmes
RECHENMANN François
PARMENTELAT Thierry
En écrivant le code de la fonction, qui recherche un triplet dans le tableau qui implémente le code génétique, nous avons terminé et obtenu un algorithme de traduction d'une séquence d'ADN, voire d
-
3.7. Index et arbre des suffixes
RECHENMANN François
PARMENTELAT Thierry
Il y a donc deux approches pour améliorer la performance des algorithmes de recherche d'un motif dans une chaîne de caractères. La première approche consiste à pré-traiter le motif. On a vu un exemple
-
3.9. Comment évaluer la qualité de prédiction des méthodes ?
RECHENMANN François
PARMENTELAT Thierry
Nous avons vu qu'il était possible, ou du moins nous le pensions, améliorer la qualité de prédiction des gènes sur un génome bactérien en introduisant des démarches supplémentaires, de recherches de
-
4.6. Si un chemin est optimal, tous ses chemins partiels sont optimaux
RECHENMANN François
PARMENTELAT Thierry
Nous cherchons à concevoir un algorithme capable de déterminer l'alignement optimal de 2 séquences. Et nous avons vu que ça revient à chercher un algorithme qui recherche un chemin optimal dans une
-
4.8. Un algorithme récursif
RECHENMANN François
PARMENTELAT Thierry
Nous avons désormais en main tous les éléments pour écrire notre algorithme de détermination d'un alignement optimal, ici d'un chemin optimal. Avec les notations que nous avons introduites, je vous