Notice
3.1. Tous les gènes se terminent sur un codon stop
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Descriptif
Une fois la séquence d'un génome complet obtenue, débute la phase d'annotation. L'annotation elle-même consiste tout d'abord à rechercher la localisation, c'est-à-dire la position des gènes sur cette séquence. Cette semaine, nous allons nous intéresser à la prédiction des gènes, nous allons étudier un algorithme de prédiction de gènes sur des séquences génomiques procaryotes, nous allons essayer d'améliorer la qualité de ces prédictions en ayant recours à des additifs à notre algorithme, recherches de certains motifs supplémentaires, éventuellement recours à des techniques probabilistes. Nous allons chercher à voir comment on peut comparer la qualité des prédictions de différentes méthodes, et à la fin nous étudierons le problème particulier que pose le problème très important de la prédiction des gènes dans un génome eucaryote. Problème encore mal résolu.
Voilà, pourquoi quand nous parlons ici de prédiction de gènes, nous parlons de prédiction de gènes sur des génomes bactériens. Comment retrouve-t-on des gènes et leurs positions de début et de fin dans un génome bactérien ? Nous connaissons les conditions nécessaires. On sait qu'une région codante, par définition de ce que nous avons vu précédemment, ne peut se situer qu'entre 2 Stop, et des Stop qui sont dans la même phase. 2 Stop consécutifs dans la même phase signifient 2 Stop qui sont séparés par des triplets, autrement dit par un nombre de bases, de nucléotides, de lettres, multiples de 3...
ERRATUM
Slide 6 : La marque de fin d'ORF est incorrectement positionnée sur la slide 6. En effet, le triplet STOP ne fait pas partie de l'ORF, même s'il la délimite. La slide 7 est correcte.
Intervention
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3.9. Comment évaluer la qualité de prédiction des méthodes ?
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