Notice
3.2. Un algorithme simple de prédiction de gènes
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Descriptif
Sur la base des principes énoncés précédemment, nous allons écrire un premier algorithme de prédiction de gènes sur un texte génomique procaryote. Je rappelle ces principes. L'idée est la suivante : de rechercher des triplets STOP consécutifs dans la même phase, consécutifs de telle façon qu'effectivement il n'y ait pas un stop qui vienne se mettre au milieu et qui casserait, en quelque sorte, la région codante qui doit être traduite dans son intégralité.
Donc, recherche de deux triplets STOP consécutifs, suffisamment éloignés l'un de l'autre pour qu'il y ait de la place pour coder une protéine fonctionnelle.
Ensuite, on recherche le premier triplet START à partir de l'extrémité 5', de telle façon que la région codante, qui va être située entre le triplet START et le triplet STOP, soit de longueur maximale. C'est un principe, c'est une heuristique. Ce n'est pas une garantie de prédire un gène correct.
Sur ces principes, nous pouvons écrire un algorithme, un premier algorithme de prédiction de gène...
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