Le point sur les méthodes de quantification de Brettanomyces Bruxellensis

13e Matinée desOenologues de Bordeaux / "Cherchons la p'tite Brett"

L'analyse microbiologique du vin est un outil indispensable dans la prévision des risques d'altération de la qualité organoleptique et visuelle du vin. Concernant plus précisément la lutte contre la production des phénols volatils, l’enjeu majeur est la détection précoce de Brettanomyces bruxellensis. Autrefois négligée, la microbiologie est aujourd’hui de plus en plus prise en compte par les producteurs, devenus plus réceptifs aux aspects microbiologiques de la vinification.

L'analyse microbiologique peut donner deux types d’informations: le nombre de microorganismes présents et/ou leur nature avec plus ou moins de spécificité. Les deux informations couplées ne sont pas toujours nécessaires; le dénombrement peut parfois être suffisant. Cependant, dans la prévision des risques ou le diagnostic d'altération, il est souvent nécessaire de connaître la nature des micro-organismes et de les identifier au niveau de l'espèce. Les méthodes courantes font essentiellement appel à la microbiologie dite « classique » avec les méthodes microscopiques, très rapides, mais peu sensibles et sans possibilité d'identification. Parmi ces méthodes classiques, se retrouvent aussi les méthodes de culture sur milieu nutritif gélosé qui sont très utilisées du fait de leur faible coût et de leur seuil de détection très bas. Cependant, elles ont deux inconvénients majeurs: les délais de réponse en raison de la lenteur de développement des microorganismes et l'impossibilité de discriminer ces microorganismes au niveau de l’espèce. S'agissant de B. bruxellensis, sept jours au minimum sont nécessaires et les milieux de culture les plus discriminants permettent d’exclure les Saccharomyces, mais pas de nombreuses autres espèces de levures non-Saccharomyces. Le dénombrement spécifique de B. bruxellensis n'est donc pas possible de cette façon. D'un autre côté, les techniques microscopiques ou bien la cytométrie de flux, bien que séduisantes par leur rapidité manquent aussi de spécificité et quelquefois de sensibilité. Aucune de ces méthodes n'est donc compatible avec la réactivité et la spécificité parfois nécessaires pour intervenir afin de limiter un développement excessif de B. bruxellensis.

Aujourd'hui, après des années d'utilisation la technique la mieux éprouvée, alliant spécificité vis-à-vis de l’espèce et rapidité (moins d’une journée) est la PCR quantitative (qPCR). Inscrite au Recueil international des méthodes d’analyses de l’OIV depuis 2011, la quantification de B. bruxellensis par q PCR se généralise dans les laboratoires d’analyses oenologiques. Récemment, de nouvelles techniques émergent ou sont améliorées comme la cytométrie de flux, rendue depuis peu spécifique de l’espèce B. bruxellensis en utilisant l'immunofluorescence. Cette technique semble présenter des qualités intéressantes quant au délai de réponse et à la spécificité vis-à-vis de B. bruxellensis, mais, pour le moment, elle en est encore au stade du lancement.