De l'analyse de la diversité génétique de Brettanomyces bruxellensis vers le développement de nouveaux outils de diagnostic de la contamination

13e Matinée desOenologues de Bordeaux / "Cherchons la p'tite Brett"

L’importance croissante de la thématique « B. bruxellensis » à l’échelle mondiale a suscité de nombreux travaux de recherche, qui ont pour principales vocations de mieux comprendre comment limiter le développement de la levure d’altération dans le vin et l’apparition du défaut olfactif. En revanche, peu de données existent concernant la biologie de cette levure et sa diversité génétique. Actuellement, les méthodes analytiques de diagnostic consistent principalement à réaliser un suivi des teneurs en phénols volatils et à quantifier les niveaux de population de B. bruxellensis. Mais les informations relatives à la nature de(s) souches présentes dans l’échantillon contaminé ne sont pas accessibles.

La publication récente de la séquence du génome de plusieurs souches de B. bruxellensis ouvre des perspectives nouvelles, pour mieux comprendre la biologie de cette espèce (Curtin et al., 2012; PiŠkur et al., 2012). Ainsi, le séquençage du génome de plusieurs souches indique que B. bruxellensis est une espèce très complexe, avec un nombre de copie de chromosome variable d’une souche à l’autre, et l’existence d’individus hybrides (Borneman et al., 2014). 
Cette très grande diversité génétique permet de mieux interpréter les études antérieures, montrant que les activités métaboliques de B. bruxellensis, associées à la contamination des vins et en particulier la résistance aux sulfites, seraient « souches-dépendantes ». À partir des séquences de génomes publiées, nous avons développé une nouvelle méthode de typage des souches de B. bruxellensis basées sur l’analyse de 10 marqueurs microsatellites (Albertin et al., 2014). Des résultats préliminaires, obtenus sur des isolats du bordelais, montrent i) qu’il existe un « groupe bordelais » (délimité par la proximité génétique des souches), qui contient aussi des isolats australiens résistants aux sulfites, ii) qu’une population clonale de B. bruxellensis peut être retrouvée dans les vins d’un même cru sur plusieurs dizaines d’années, iii) dans certains cas, les souches isolées de grappes présentent un profil différent de celles provenant du premier ou du second vin. Ces nouveaux outils de diagnostics vont permettre de mieux cerner l’origine de la contamination dans un cru donné et la « dangerosité » des souches qui contaminent le vin, et ainsi adapter les itinéraires de prévention et/ou traitement de la contamination.