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1.8. Compressing the DNA walk


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Auteur(s) :
RECHENMANN Francois

Producteur Canal-U :
Inria
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1.8. Compressing the DNA walk

We have written the algorithm for the circle DNA walk. Just a precision here: the kind of drawing we get has nothing to do with the physical drawing of the DNA molecule. It is a symbolic representation. It is a way of representing the information content of the sequence as a drawing. Remember that the problem of the algorithm we designed is that it supposes the capacity of drawing several millions or billions of segments on the screen. This is not feasible. No screen will be large enough for that. So, how can we deal with this hardware constraint? Compression is the answer. Let's see that in more details. Remember, for each position here,we draw a segment according to the direction we defined at thebeginning of the first session. And so we get something like that. The idea here is, instead of drawing all these small segments, we will draw a segment like that. For example, every 10 small segments and so on. So of course we reduce the numberof segments which are necessary to draw the DNA walk fora complete sequence. How can we do that? We will define a window. The window is, at any time,a part of the sequence. It has a certain length and withinthis window, we will compute the number of A, C, G and T. And we know how to do that because we have done this kind of operation, in the previous session.

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    Label UNT : UNIT
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    Date de réalisation : 5 Février 2015
    Lieu de réalisation : Grenoble
    Durée du programme : 7 min
    Classification Dewey : biologie application informatique
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    Catégorie : Vidéocours
    Niveau : 1er cycle, 2ieme cycle
    Disciplines : Biologie cellulaire, Informatique, Informatique, Mathématiques et informatique
    Collections : 1. Genomic texts
    ficheLom : Voir la fiche LOM
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    Auteur(s) : RECHENMANN Francois
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    Langue : Anglais
    Mots-clés : DNA, Genome, algorithm, cell, bioinformatics
    Conditions d’utilisation / Copyright : Ces ressources de cours sont, sauf mention contraire, diffusées sous Licence Creative Commons. L’utilisateur doit mentionner le nom de l’auteur, il peut exploiter l’œuvre sauf dans un contexte commercial et il ne peut apporter de modifications à l’œuvre originale.
 

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