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Notice
Lieu de réalisation
Grenoble
Sous-titrage
Sous-titre
Langue :
Anglais
Crédits
François Rechenmann (Intervention)
Conditions d'utilisation
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DOI : 10.60527/5zpe-q744
Citer cette ressource :
François Rechenmann. Inria. (2015, 5 février). 1.10. Overlapping sliding window , in 1. Genomic texts. [Vidéo]. Canal-U. https://doi.org/10.60527/5zpe-q744. (Consultée le 13 juillet 2024)

1.10. Overlapping sliding window

Réalisation : 5 février 2015 - Mise en ligne : 9 mai 2017
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Descriptif

We have made some drawings along a genomic sequence. And we have seen that although the algorithm is quite simple, even if some points of the algorithmare bit trickier than the others, we were able to produce an interesting result that is a prediction of the origin of replication of bacterial genomes. We have seen also that it may work for a large part of bacterial genomes but for some of them it doesn't work and this is the real life of bio informaticians. We have to deal with that. But, our algorithm was very visual. Now, we want to have a more quantitative approach to make apparent the bias in G, C or A, T and so on. Not only on the visual basis buton a more quantitative basis. Let's see how we can do that. We will change the algorithm a little bit. We are already familiar withthe notion of window. So, we know how to compute nucleotidefrequencies in a sliding window. Frequencies or number ofoccurrences, it's the same thing. So, what we will do is this newversion of the algorithm is we have a window onthe genomic sequence. On this window, we are able to compute the number of G and C. This should be very easy for you right now.

Intervention

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