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2.6. Algorithms + data structures = programs


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Auteur(s) :
RECHENMANN Francois

Producteur Canal-U :
Inria
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2.6. Algorithms + data structures = programs

By writing the Lookup GeneticCode Function, we completed our translation algorithm. So we may ask the question about the algorithm, does it terminate? Andthe answer is yes, obviously. Is it pertinent, that is, doesit return the expected answer? The answer is yes, if you giveas an input a sequence of DNA, you will get as an output asequence of amino acids unless, of course, one of the tripletsis not one of the 64 expected triplets and then you will get, ofcourse, a nonsense protein sequence. Is it efficient? Well, for measuring the efficiency of an algorithm, you can ask the question, how manybasic operations you have to execute. In that case the critical operationis comparison of letters. In the best case if you are lucky,the algorithm for looking up a triplet needs three comparisons,if you're not lucky, in the worst case, it needs 64 comparisons. These are not high numbers, ofcourse, but you have to remember that you have to execute the Lookup Algorithm for every triplet of the sequence so a sequencemay be very very long so it may be a good idea to ask the question: can we do better? And the answer is yes. For doing better, what we can introduce is a data structure. Here is the data structure inthe left part of this slide.

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    Label UNT : UNIT
  •  
    Date de réalisation : 5 Février 2015
    Lieu de réalisation : Grenoble
    Durée du programme : 6 min
    Classification Dewey : biologie application informatique
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    Catégorie : Vidéocours
    Niveau : 1er cycle, 2ieme cycle
    Disciplines : Biologie cellulaire, Informatique, Informatique, Mathématiques et informatique
    Collections : 2. Genes and proteins
    ficheLom : Voir la fiche LOM
  •  
    Auteur(s) : RECHENMANN Francois
  •  
    Langue : Anglais
    Mots-clés : DNA, Genome, algorithm, cell, bioinformatics
    Conditions d’utilisation / Copyright : Ces ressources de cours sont, sauf mention contraire, diffusées sous Licence Creative Commons. L’utilisateur doit mentionner le nom de l’auteur, il peut exploiter l’œuvre sauf dans un contexte commercial et il ne peut apporter de modifications à l’œuvre originale.
 

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