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## 2.6. Algorithms + data structures = programs

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Auteur(s) :
RECHENMANN Francois

Producteur Canal-U :
Inria
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### 2.6. Algorithms + data structures = programs

By writing the Lookup GeneticCode Function, we completed our translation algorithm. So we may ask the question about the algorithm, does it terminate? Andthe answer is yes, obviously. Is it pertinent, that is, doesit return the expected answer? The answer is yes, if you giveas an input a sequence of DNA, you will get as an output asequence of amino acids unless, of course, one of the tripletsis not one of the 64 expected triplets and then you will get, ofcourse, a nonsense protein sequence. Is it efficient? Well, for measuring the efficiency of an algorithm, you can ask the question, how manybasic operations you have to execute. In that case the critical operationis comparison of letters. In the best case if you are lucky,the algorithm for looking up a triplet needs three comparisons,if you're not lucky, in the worst case, it needs 64 comparisons. These are not high numbers, ofcourse, but you have to remember that you have to execute the Lookup Algorithm for every triplet of the sequence so a sequencemay be very very long so it may be a good idea to ask the question: can we do better? And the answer is yes. For doing better, what we can introduce is a data structure. Here is the data structure inthe left part of this slide.

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Label UNT : UNIT
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Date de réalisation : 5 Février 2015
Lieu de réalisation : Grenoble
Durée du programme : 6 min
Classification Dewey : biologie application informatique
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Catégorie : Vidéocours
Niveau : 1er cycle, 2ieme cycle
Disciplines : Biologie cellulaire, Informatique, Informatique, Mathématiques et informatique
Collections : 2. Genes and proteins
ficheLom : Voir la fiche LOM
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Auteur(s) : RECHENMANN Francois
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Langue : Anglais
Mots-clés : DNA, Genome, algorithm, cell, bioinformatics
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