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3.1. All genes end on a stop codon


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Auteur(s) :
RECHENMANN Francois

Producteur Canal-U :
Inria
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3.1. All genes end on a stop codon

Last week we studied genes and proteins and so how genes, portions of DNA, are translated into proteins.
We also saw the very fast evolutionof the sequencing technology which allows for producing large genomic texts, it is now possible to sequence a whole genome. But it is just thebeginning of the story. The challenge to come is to analysethe texts of these genomes and find genes, so this week wewill see how we can design a
very first algorithm for predicting genes on a bacterial genome. We will first remember the conditionfor finding genes, we will design and propose an algorithmfor that and we will see that a part of the algorithm relies onthe search for patterns over a sequence, so we will see howwe can optimize the algorithm for searching patterns. And thenwe will see how we can compare the efficiency of geneprediction methods. But first let's remember the necessarycondition for finding genes. As we saw last week a gene can onlybe found between two consecutive stop triplets in the same phase,in the same phase means that the two stop, the two tripletsmust be separated by a number of nucleotides which isa multiple of three. Why two consecutive stop triplets?

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    Label UNT : UNIT
  •  
    Date de réalisation : 5 Février 2015
    Lieu de réalisation : Grenoble
    Durée du programme : 6 min
    Classification Dewey : biologie application informatique
  •  
    Catégorie : Vidéocours
    Niveau : 1er cycle, 2ieme cycle
    Disciplines : Biologie cellulaire, Informatique, Informatique, Mathématiques et informatique
    Collections : 3. Gene prediction
    ficheLom : Voir la fiche LOM
  •  
    Auteur(s) : RECHENMANN Francois
  •  
    Langue : Anglais
    Mots-clés : DNA, Genome, algorithm, cell, bioinformatics
    Conditions d’utilisation / Copyright : Ces ressources de cours sont, sauf mention contraire, diffusées sous Licence Creative Commons. L’utilisateur doit mentionner le nom de l’auteur, il peut exploiter l’œuvre sauf dans un contexte commercial et il ne peut apporter de modifications à l’œuvre originale.
 

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