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3.2. A simple algorithm for gene prediction

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3.2. A simple algorithm for gene prediction

Based on the principle we statedin the last session, we will now write in pseudo code a firstalgorithm for locating genes on a bacterial genome. Remember first how this algorithm should work, we first need to find two consecutive stop triplets in the same phase, same phase meansthe number of letters between these two stop triplets might bea multiple of three so that this sequence here can be divided into triplets. This is called an open reading frame. Once we have an open reading framewe look for the start triplet which is situated leftmost onthe open reading frame and we declare, we make the hypothesis that thisis a coding region, that is a gene. OK. Let's see that in more details. So our algorithms start withthe declaration of variable we need, some counter indexes here integer and here I have an array of integer with two columns and as many rows as necessary. A row will allow to record the beginning of the gene as a position in the sequence and the end ofthe gene as another position in the sequence normally, this number mustof course be greater than this one. They are integers because theyare positioned in the sequence. We initialized some index andthen what do we have to do?

    Label UNT : UNIT
    Date de réalisation : 5 Février 2015
    Lieu de réalisation : Grenoble
    Durée du programme : 6 min
    Classification Dewey : biologie application informatique
    Catégorie : Vidéocours
    Niveau : 1er cycle, 2ieme cycle
    Disciplines : Biologie cellulaire, Informatique, Informatique, Mathématiques et informatique
    Collections : 3. Gene prediction
    ficheLom : Voir la fiche LOM
    Auteur(s) : RECHENMANN Francois
    Langue : Anglais
    Mots-clés : DNA, Genome, algorithm, cell, bioinformatics
    Conditions d’utilisation / Copyright : Ces ressources de cours sont, sauf mention contraire, diffusées sous Licence Creative Commons. L’utilisateur doit mentionner le nom de l’auteur, il peut exploiter l’œuvre sauf dans un contexte commercial et il ne peut apporter de modifications à l’œuvre originale.


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