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1.5. Counting nucleotides

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Auteur(s) :
RECHENMANN Francois

Producteur Canal-U :
Inria
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1.5. Counting nucleotides

In this session, don't panic. We will design our first algorithm. This algorithm is forcounting nucleotides. The idea here is that as an input,you have a sequence of nucleotides, of bases, of letters, of characters which ends with a star symbol, here. And, you want to count the number of A,C, G and T, and then the frequencies. To write an algorithm in thispseudo code language, you need first to declare on which objector variables you will work. Here, we declare severalinteger variables. What does it mean integer variables? That is a variable, the value of which can be an integer: 1, 2, 3, minus 9 and so on. So, integer is what we call "akeyword" which belongs to the pseudo code language. We also need to declare a sequence as a sequence of characters, a character string. The length of which is not specified. It starts in one andit ends somewhere. Sequence of one is the first character of the sequence. Then, you have to initialize your variable. That is to give the first value.

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Label UNT : UNIT
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Date de réalisation : 5 Février 2015
Lieu de réalisation : Grenoble
Durée du programme : 6 min
Classification Dewey : biologie application informatique
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Catégorie : Vidéocours
Niveau : 1er cycle, 2ieme cycle
Disciplines : Biologie cellulaire, Informatique, Informatique, Mathématiques et informatique
Collections : 1. Genomic texts
ficheLom : Voir la fiche LOM
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Auteur(s) : RECHENMANN Francois
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Langue : Anglais
Mots-clés : DNA, Genome, algorithm, cell, bioinformatics
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