3. Prédiction des gènes

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Mise en ligne : 01 juin 2015
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3.1. Tous les gènes se terminent sur un codon stop

Descriptif

Au sommaire de cette troisième partie :

3.1. Tous les gènes se terminent sur un codon stop 3.2. Un algorithme simple de prédiction de gènes3.3. À la recherche des codons start et stop3.4. Prédiction de tous les gènes d'une séquence 3.5. Comment améliorer la qualité des prédictions ?3.6. L'algorithme de Boyer-Moore 3.7. Index et arbre des suffixes  3.8. Des méthodes probabilistes à la rescousse 3.9. Comment évaluer la qualité de prédiction des méthodes ? 3.10. La prédiction de gènes dans les génomes eucaryotes

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3.1. Tous les gènes se terminent sur un codon stop
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3.1. Tous les gènes se terminent sur un codon stop

Rechenmann
François
Parmentelat
Thierry

Une fois la séquence d'un génome complet obtenue, débute la phase d'annotation. L'annotation elle-même consiste tout d'abord à rechercher la localisation, c'est-à-dire la position des gènes sur cette

3.2. Un algorithme simple de prédiction de gènes
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3.2. Un algorithme simple de prédiction de gènes

Rechenmann
François
Parmentelat
Thierry

Sur la base des principes énoncés précédemment, nous allons écrire un premier algorithme de prédiction de gènes sur un texte génomique procaryote. Je rappelle ces principes. L'idée est la suivante :

3.4. Prédiction de tous les gènes d’une séquence
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3.4. Prédiction de tous les gènes d’une séquence

Rechenmann
François
Parmentelat
Thierry

En combinant de façon adéquate la recherche des triplés Stop et Start sur un brin d'ADN, nous avons obtenu un algorithme qui prédit les gènes sur ce brin, mais également sur une phase. C'est-à-dire en

3.8. Des méthodes probabilistes à la rescousse
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3.8. Des méthodes probabilistes à la rescousse

Rechenmann
François
Parmentelat
Thierry

Nous avons vu comment la qualité des prédictions de gènes dans un génome bactérien, pouvait être améliorée à travers la recherche d'occurrences de motifs particuliers liés au site de fixation du

Intervenants et intervenantes