3.3. À la recherche des codons start et stop
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Descriptif
Nous avons écrit la structure, l'ossature d'un algorithme de prédiction de gènes dans un génome bactérien, en utilisant les principes que nous avions énoncés précédemment. Cet algorithme est incomplet puisque pour l'instant, nous avons repoussé l'écriture des 2 fonctions nécessaires à la recherche des occurrences des triplets Stop et Start. C'est donc ce que nous allons faire maintenant.
Comment faire pour rechercher l'occurrence d'un triplet ? En fait l'algorithme est très simple, très naïf, il consiste à comparer chaque lettre du triplet à chaque lettre de la séquence, et faire progresser, si aucune correspondance n'est trouvée, faire correspondre le motif le long de la séquence jusqu'à avoir trouvé une occurrence. Regardons ce qui se passe. Ici, c'est simple, on compare le T avec le A, il n'y a pas de correspondance donc on avance directement au triplet suivant, ce n'est pas la peine de regarder les autres lettres...
ERRATUM
Une erreur s'est glissée dans le code du transparent 8, cf. correction détaillée dans l'onglet Erratum.
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