Notice
3.4. Prédiction de tous les gènes d’une séquence
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Descriptif
En combinant de façon adéquate la recherche des triplés Stop et Start sur un brin d'ADN, nous avons obtenu un algorithme qui prédit les gènes sur ce brin, mais également sur une phase. C'est-à-dire en groupant les lettres en triplés d'une certaine manière. Nous avons vu qu'il existait 3 phases sur une séquence donnée. Nous allons donc dans un premier temps, avant de voir comment nous pouvons prédire tous les gènes d'un génome, modifier légèrement notre algorithme en le paramétrant au lieu de commencer systématiquement à la première position de la séquence nous commencerons sur la position iPhase et iPhase sera soit 1, soit 2, soit 3, suivant que nous commençons sur la première position, la deuxième et la troisième. Autrement dit, nous allons explorer maintenant les 3 phases d'un même brin.
Mais pour trouver les gènes de tout un génome, il nous faut non seulement explorer les 3 phases d'un brin mais également les 3 phases du brin complémentaire. En effet, les gènes peuvent être portés aussi bien par un brin que par l'autre. Donc ce que nous faisons, c'est que nous appliquons notre fonction GenePredictor que je n'ai pas explicitement définie, mais qui correspond à l'algorithme qui était sur la slide précédente, nous l'appliquons sur la séquence d'ADN avec comme paramètre iPhase, iPhase lui-même prenant de la valeur 1, 2 puis 3...
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