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Français
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François Rechenmann (Intervention), Thierry Parmentelat (Intervention)
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DOI : 10.60527/7hbe-hz24
Citer cette ressource :
François Rechenmann, Thierry Parmentelat. Inria. (2015, 1 juin). 3.7. Index et arbre des suffixes , in 3. Prédiction des gènes. [Vidéo]. Canal-U. https://doi.org/10.60527/7hbe-hz24. (Consultée le 25 juillet 2024)

3.7. Index et arbre des suffixes

Réalisation : 1 juin 2015 - Mise en ligne : 4 octobre 2016
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Descriptif

Il y a donc deux approches pour améliorer la performance des algorithmes de recherche d'un motif dans une chaîne de caractères. La première approche consiste à pré-traiter le motif. On a vu un exemple de cette approche avec l'algorithme de Boyer-Moore. La deuxième approche consiste à pré-traiter le texte dans lequel nous recherchons les motifs. Et nous allons voir deux exemples de mise en oeuvre de cette approche. La première consiste à construire un index de mots de longueur fixe. De quoi s'agit-il ? Considérons cette chaîne de caractères, relativement courte ici, de longueur 14. Nous allons construire un index de tous les triplets qui apparaissent dans cette séquence. Voilà ce que ça donne. Vérifions. Ce triplet AA # ou # n'appartient pas à la séquence mais marque la fin de la séquence. On trouve bien une occurrence de ce triplet à la position 13. De même pour le triplet ACG, on trouve bien une occurrence, voire même l'occurrence, la seule de ACG à la position une, et ainsi de suite...

Intervention

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