Canal-U

Mon compte
Inria

3.3. Searching for start and stop codons


Copier le code pour partager la vidéo :
<div style="position:relative;padding-bottom:56.25%;padding-top:10px;height:0;overflow:hidden;"><iframe src="https://www.canal-u.tv/video/inria/embed.1/3_3_searching_for_start_and_stop_codons.35093?width=100%&amp;height=100%" style="position:absolute;top:0;left:0;width:100%;height: 100%;" width="550" height="306" frameborder="0" allowfullscreen scrolling="no"></iframe></div> Si vous souhaitez partager une séquence, indiquez le début de celle-ci , et copiez le code : h m s
Auteur(s) :
RECHENMANN Francois

Producteur Canal-U :
Inria
Contacter le contributeur
J’aime
Imprimer
partager facebook twitter Google +

3.3. Searching for start and stop codons

We have written an algorithm for finding genes. But you remember that we arestill to write the two functions for finding the next stop codonand the next start codon. Let's see how we can do that. We are looking for triplets. We use the term triplets as long as wehave no proof that they are codons. You can have triplets outside genes. Within genes, they are called codons. In general, we arelooking for triplets. If you have a sequence like thisone and you are looking for occurrences of this triplet, whatyou have to do is: position your triplet at the beginning of the sequence. Compare the first letter. If it is not the same, skip tothe second triplet, this one. Make the comparison. Again here, the first comparison works. So, you may do the second comparison, it works. But the third doesn't. Again, you progress and then youhave, here, a match, a second match and a third match. So, you have found an occurrence of the triplets on the sequence. That means that the number of comparisons, in the worst case, for one of the three stop codonsis the length of the text.

  •  
    Label UNT : UNIT
  •  
    Date de réalisation : 5 Février 2015
    Lieu de réalisation : Grenoble
    Durée du programme : 5 min
    Classification Dewey : biologie application informatique
  •  
    Catégorie : Vidéocours
    Niveau : 1er cycle, 2ieme cycle
    Disciplines : Biologie cellulaire, Informatique, Informatique, Mathématiques et informatique
    Collections : 3. Gene prediction
    ficheLom : Voir la fiche LOM
  •  
    Auteur(s) : RECHENMANN Francois
  •  
    Langue : Anglais
    Mots-clés : DNA, Genome, algorithm, cell, bioinformatics
    Conditions d’utilisation / Copyright : Ces ressources de cours sont, sauf mention contraire, diffusées sous Licence Creative Commons. L’utilisateur doit mentionner le nom de l’auteur, il peut exploiter l’œuvre sauf dans un contexte commercial et il ne peut apporter de modifications à l’œuvre originale.
 

commentaires


Ajouter un commentaire Lire les commentaires
*Les champs suivis d’un astérisque sont obligatoires.
Aucun commentaire sur cette vidéo pour le moment (les commentaires font l’objet d’une modération)
 

Dans la même collection

FMSH
 
Facebook Twitter Google+
Mon Compte