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4.5. A sequence alignment as a path


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Auteur(s) :
RECHENMANN Francois

Producteur Canal-U :
Inria
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4.5. A sequence alignment as a path

Comparing two sequences and thenmeasuring their similarities is an optimization problem. Why? Because we have seen thatwe have to take into account substitution and deletion. During the alignment, the comparison of the two sequences, we haveto insert blank characters at a certain position in order tohave an optimal score that is we want the sequence to be themore similar as possible. So the problem is to find whereto locate the blank character. There are many solutions and wewant to find the best one, it is an optimization problem. How do we deal with thisoptimization problem? We will consider an alignmentbetween two sequences as a path in that kind of grid. Here we havethe characters of the first sequence and there, the charactersof the second sequence. The path starts from this nodeand must arrive on that node. What are the rules of the game? You may have unitary path likethat or like that or like that, along, horizontal or vertical linesor diagonal lines and so on. The idea is to arrive to the lastnode and we'll see that the "S" corresponds to one alignment,one possible alignment between these two sequences. Why? Simply because drawing a diagonallike that means taking into account a substitution. Thisis the first sequence.

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    Label UNT : UNIT
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    Date de réalisation : 5 Février 2015
    Lieu de réalisation : Grenoble
    Durée du programme : 4 min
    Classification Dewey : biologie application informatique
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    Catégorie : Vidéocours
    Niveau : 1er cycle, 2ieme cycle
    Disciplines : Biologie cellulaire, Informatique, Informatique, Mathématiques et informatique
    Collections : 4. Sequences comparison
    ficheLom : Voir la fiche LOM
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    Auteur(s) : RECHENMANN Francois
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    Langue : Anglais
    Mots-clés : DNA, Genome, algorithm, cell, bioinformatics
    Conditions d’utilisation / Copyright : Ces ressources de cours sont, sauf mention contraire, diffusées sous Licence Creative Commons. L’utilisateur doit mentionner le nom de l’auteur, il peut exploiter l’œuvre sauf dans un contexte commercial et il ne peut apporter de modifications à l’œuvre originale.
 

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