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5.3. Building an array of distances


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Auteur(s) :
RECHENMANN Francois

Producteur Canal-U :
Inria
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5.3. Building an array of distances

So using the sequences of homologous gene between several species, our aim is to reconstruct phylogenetic tree of the corresponding species. For this, we have to comparesequences and compute distances between these sequences and we have seen last week how we were able to measure the similarity between sequences and we can use this similarity as a measureof distance between sequences. So we will compare pairs of sequences, measure the similarity and store the value of distance, of similarity into what we could call a matrix or an array. Before going further, let's makemore explicit the use of these two terms, they are not equivalentbut some people mix them. The matrix is a mathematical object,it's something you manipulate when you do linear algebra,it's a mathematical concept. An array is a computer science concept. An array is a data structure. It is true that a matrix may be implemented as an array in a program or an algorithm but notall the arrays are matrices so be careful when you use aterm matrix or its equivalent, not completely equivalent incomputer science array. So from now on we will speak of arrays because we will speak of algorithm, filling an array with the values of distances.

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    Label UNT : UNIT
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    Date de réalisation : 5 Février 2015
    Lieu de réalisation : Grenoble
    Durée du programme : 5 min
    Classification Dewey : biologie application informatique
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    Catégorie : Vidéocours
    Niveau : 1er cycle, 2ieme cycle
    Disciplines : Biologie cellulaire, Informatique, Informatique, Mathématiques et informatique
    Collections : 5. Phylogenetic trees
    ficheLom : Voir la fiche LOM
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    Auteur(s) : RECHENMANN Francois
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    Langue : Anglais
    Mots-clés : DNA, Genome, algorithm, cell, bioinformatics
    Conditions d’utilisation / Copyright : Ces ressources de cours sont, sauf mention contraire, diffusées sous Licence Creative Commons. L’utilisateur doit mentionner le nom de l’auteur, il peut exploiter l’œuvre sauf dans un contexte commercial et il ne peut apporter de modifications à l’œuvre originale.
 

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