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4.3. Measuring sequence similarity


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Auteur(s) :
RECHENMANN Francois

Producteur Canal-U :
Inria
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4.3. Measuring sequence similarity

So we understand why gene orprotein sequences may be similar. It's because they evolve togetherwith the species and they evolve in time, there aremodifications in the sequence and that the sequence may still besimilar, similar enough again to retrieve information on onesequence to transfer it to another sequence of interest. So thequestion now is how can we measure this similarity between twosequences for the moment. The first approach to similarityis a very simple one is to apply a distance which is calledhere the Editing System or the Hamming Distance.The idea is very basic. You would take two sequences likethese two sequences here and you look at the differences and youcount the number of differences. Here, for example, you have twodifferences so you will say that the distance, the similaritybetween the two sequences, the distance is two. Here wehave another pair of sequences which are less similar becausethey are three differences. That's quite nice, it'sa hamming distance. Is it really a distance? A distance is a mathematicalconcept and to be a distance, it must satisfy three conditions:the distance between a sequence and itself must be zero, a sequencebetween a sequence and another one must be the same betweenthe last one and the first one and we must have this inequalitywhich is always verified.

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    Label UNT : UNIT
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    Date de réalisation : 5 Février 2015
    Lieu de réalisation : Grenoble
    Durée du programme : 4 min
    Classification Dewey : biologie application informatique
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    Catégorie : Vidéocours
    Niveau : 1er cycle, 2ieme cycle
    Disciplines : Biologie cellulaire, Informatique, Informatique, Mathématiques et informatique
    Collections : 4. Sequences comparison
    ficheLom : Voir la fiche LOM
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    Auteur(s) : RECHENMANN Francois
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    Langue : Anglais
    Mots-clés : DNA, Genome, algorithm, cell, bioinformatics
    Conditions d’utilisation / Copyright : Ces ressources de cours sont, sauf mention contraire, diffusées sous Licence Creative Commons. L’utilisateur doit mentionner le nom de l’auteur, il peut exploiter l’œuvre sauf dans un contexte commercial et il ne peut apporter de modifications à l’œuvre originale.
 

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