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4.6. A path is optimal if all its sub-paths are optimal


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Auteur(s) :
RECHENMANN Francois

Producteur Canal-U :
Inria
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4.6. A path is optimal if all its sub-paths are optimal

A sequence alignment between two sequences is a path in a grid. So that, an optimal sequence alignmentis an optimal path in the same grid. We'll see now that a property of this optimal path provides us with scanned lines for designing an optimization algorithm. The property is the following. A path which is optimal is made up of optimal sub-paths. To prove that, we can start byproving that if a path of length L is optimal then the path of length L minus one is also optimal. This can be proved quiteeasily ad arburdum. That is, you take the hypothesis that the path of length L is optimal and you say the path oflength L minus one is not optimal. And then, you arrive at a contradiction which means that this is proved. OK. So you can also make the samereasoning with the path of length L minus two, Lminus three and so on. And so, you arrive at the conclusionthat an optimal path is made up of optimal sub-paths. And this will explain how we candesign a schema of computation of the optimal path. The trick in this algorithm is to start with the last unitary path. That is, you remember our grid, thisis the last node of the grid. N and M are the lengths of the sequences. Here is the first sequence.

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    Label UNT : UNIT
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    Date de réalisation : 5 Février 2015
    Lieu de réalisation : Grenoble
    Durée du programme : 5 min
    Classification Dewey : biologie application informatique
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    Catégorie : Vidéocours
    Niveau : 1er cycle, 2ieme cycle
    Disciplines : Biologie cellulaire, Informatique, Informatique, Mathématiques et informatique
    Collections : 4. Sequences comparison
    ficheLom : Voir la fiche LOM
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    Auteur(s) : RECHENMANN Francois
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    Langue : Anglais
    Mots-clés : DNA, Genome, algorithm, cell, bioinformatics
    Conditions d’utilisation / Copyright : Ces ressources de cours sont, sauf mention contraire, diffusées sous Licence Creative Commons. L’utilisateur doit mentionner le nom de l’auteur, il peut exploiter l’œuvre sauf dans un contexte commercial et il ne peut apporter de modifications à l’œuvre originale.
 

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