# Canal-U

Mon compte

## 5.4. The UPGMA algorithm

Copier le code pour partager la vidéo :
<div style="position:relative;padding-bottom:56.25%;padding-top:10px;height:0;overflow:hidden;"><iframe src="https://www.canal-u.tv/video/inria/embed.1/5_4_the_upgma_algorithm.35269?width=100%&amp;height=100%" style="position:absolute;top:0;left:0;width:100%;height: 100%;" width="550" height="306" frameborder="0" allowfullscreen scrolling="no"></iframe></div> Si vous souhaitez partager une séquence, indiquez le début de celle-ci , et copiez le code : h m s
Auteur(s) :
RECHENMANN Francois

Producteur Canal-U :
Inria
Contacter la chaine
J’aime
Imprimer
partager

### 5.4. The UPGMA algorithm

We know how to fill an array with the values of the distances between sequences, pairs of sequences which are available in the file. This array of distances will be the input of our algorithm for reconstructing phylogenetic trees. The name of this algorithm israther complicated but the method itself is rather simple,too simple indeed. We will see that. The name standsfor Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean, wewill understand these terms along the presentationof the algorithm. The algorithm starts withan array of distances. Let's take this very simpleexample, it implies seven species and here we have the values of thedistances between these different sequences associated with a species. As you remember, the array issymmetrical and all the values on the diagonal are equal to zero so here we display only the meaning ful values. So all the cells of the array are not displayed here. OK. First step consists in selectingthe smallest value of the array, this is two here which isthe distance between F and C. So since it is the smallest distance we allow to group these two species, these two nodes into a first sub tree and create a new node here which is the route of this sub tree.

•
Label UNT : UNIT
•
Date de réalisation : 5 Février 2015
Lieu de réalisation : Grenoble
Durée du programme : 5 min
Classification Dewey : biologie application informatique
•
Catégorie : Vidéocours
Niveau : 1er cycle, 2ieme cycle
Disciplines : Biologie cellulaire, Informatique, Informatique, Mathématiques et informatique
Collections : 5. Phylogenetic trees
ficheLom : Voir la fiche LOM
•
Auteur(s) : RECHENMANN Francois
•
Langue : Anglais
Mots-clés : DNA, Genome, algorithm, cell, bioinformatics
Conditions d’utilisation / Copyright : Ces ressources de cours sont, sauf mention contraire, diffusées sous Licence Creative Commons. L’utilisateur doit mentionner le nom de l’auteur, il peut exploiter l’œuvre sauf dans un contexte commercial et il ne peut apporter de modifications à l’œuvre originale.

## commentaires

Ajouter un commentaire Lire les commentaires
*Les champs suivis d’un astérisque sont obligatoires.
Aucun commentaire sur cette vidéo pour le moment (les commentaires font l’objet d’une modération)