Notice
5.7. Les applications en microbiologie
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Descriptif
Une très grande diversité, on l'a vu, d'algorithmes en bio-informatique, motivé par la résolution de problèmes différents. Ces algorithmes, ces recherches en bio-informatique, s'appuient sur des domaines des mathématiques et de l'informatique. De très nombreux domaines sont ainsi impliqués. Je n'en fait pas ici la liste exhaustive mais je vais citer, bien entendu, l'algorithmique en tant que tel sur les chaînes de caractères, nous l'avons vu, mais également sur les arbres, nous l'avons vu, sur les arbres phylogénétiques. Également sur les réseaux, ces réseaux de gènes ou réseaux métaboliques. Probabilité statistique. Nous avons nommé les chaînes de Markov, les modèles de Markov, c'est l'intrusion des probabilités dans la bio-informatique. C'est une des intrusions des probabilités dans la bio-informatique. Les méthodes d'optimisation que nous avons mises en oeuvre, en particulier, pour calculer des alignements optimaux. Les méthodes de satisfaction de contraintes utilisées dans la prédiction des structures d'ARN, par exemple. Des traitements du signal, mais d'autres domaines encore, moins connus de l'informatique, plus abstraits, mais tout aussi utiles, tels que les automates ou les grammaires formelles...
Intervention
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5.6. La diversité des algorithmes informatiques
RechenmannFrançoisParmentelatThierryNous n'avons vu dans ce cours qu'un exemple extrêmement réduit d'algorithme bio informatique. Il existe en effet une très grande diversité de ces algorithmes bio informatiques qui sont motivés par l
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5.1. L’arbre des espèces
RechenmannFrançoisParmentelatThierryDans cette cinquième et dernière partie de notre cours sur le génome et les algorithmes, qui se veut une introduction à l'analyse informatique de l'information génétique, nous regarderons de plus près
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5.4. L’algorithme UPGMA
RechenmannFrançoisParmentelatThierryL'algorithme, que nous allons étudier pour la reconstruction d'arbres phylogénétiques à partir des distances, s'appelle UPGMA. Un nom plutôt compliqué pour une méthode qui est plutôt simple. Et même,
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5.2. L’arbre, objet abstrait
RechenmannFrançoisParmentelatThierryVous l'aurez compris un arbre phylogénétique est un arbre abstrait qui n'a qu'un lointain rapport métaphorique avec un véritable arbre. L'arbre des bio-informaticiens et des informaticiens se
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5.5. Quand les différences sont trompeuses
RechenmannFrançoisParmentelatThierryIl y a plusieurs raisons pour lesquelles la méthode UPGMA, que nous venons de voir, se révèle simpliste. L'une des raisons par exemple, c'est pourquoi quand on recalcule les distances, quand on a
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5.3. Remplir un tableau de distances
RechenmannFrançoisParmentelatThierryPour tenter de construire l'arbre phylogénétique d'un ensemble d'espèces, nous allons utiliser les données et génotypique ou des données génotypiques disponibles sur ces espèces. Plus clairement, nous
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1.8. Compressing the DNA walk
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2.7. The algorithm design trade-off
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3.4. Predicting all the genes in a sequence
RechenmannFrançoisWe have written an algorithm whichis able to locate potential genes on a sequence but only on one phase because we are looking triplets after triplets. Now remember that the genes maybe located on
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4.7. Alignment costs
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4.9. Recursion can be avoided: an iterative version
RechenmannFrançoisWe have written a recursive function to compute the optimal path that is an optimal alignment between two sequences. Here all the examples I gave were onDNA sequences, four letter alphabet. OK. The
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2.1. The sequence as a model of DNA
RechenmannFrançoisWelcome back to our course on genomes and algorithms that is a computer analysis ofgenetic information. Last week we introduced the very basic concept in biology that is cell, DNA, genome, genes
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3.7. Index and suffix trees
RechenmannFrançoisWe have seen with the Boyer-Moore algorithm how we can increase the efficiency of spin searching through the pre-processing of the pattern to be searched. Now we will see that an alternative way of
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5.2. The tree, an abstract object
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