5.5. Quand les différences sont trompeuses
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Descriptif
Il y a plusieurs raisons pour lesquelles la méthode UPGMA, que nous venons de voir, se révèle simpliste. L'une des raisons par exemple, c'est pourquoi quand on recalcule les distances, quand on a groupé deux espèces et construit un nouveau noeud, pourquoi recalcule-t-on les distances sur la base d'une moyenne ? Difficile à justifier d'un point de vue biologique, mais la méthode est simple. Mais peut-être que la critique la plus forte provient du fait que nous nous appuyons sur des distances qui sont calculées sur les séquences, et nous allons voir que ce calcul-là tend à sous-estimer le nombre de mutations qui a eu effectivement lieu ou qui a pu effectivement avoir lieu. Je m'explique. Le cas le plus simple est le suivant. Nous avons deux séquences, séquence 1, séquence 2. Et un événement de substitution se produit ici dans la séquence 2. Le nombre de substitutions mutations observées est 1 et le nombre de substitutions réelles est 1. C'est ce cas-ci, voilà. Mutation. Très bien. Maintenant, un exemple où le nombre de substitutions observées est plus bas que le nombre de substitutions réelles. Dans la séquence 1, on a toujours ce A, et dans la séquence 2, nous avons une série de 2 mutations, A en C, C en T. Or, nous, à travers la séquence qu'on observe, la seule chose qu'on voit, c'est A et T. Donc on a tendance à considérer qu'il y a eu une substitution alors qu'il s'en est produit deux. Regardons. 1, 2. Or, nous ne voyons pas celle intermédiaire...
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