5.6. La diversité des algorithmes informatiques
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Descriptif
Nous n'avons vu dans ce cours qu'un exemple extrêmement réduit d'algorithme bio informatique. Il existe en effet une très grande diversité de ces algorithmes bio informatiques qui sont motivés par l'existence d'un très grand nombre de classes de problèmes. Nous allons lister quelques-unes de ces classes de problèmes sans viser l'exhaustivité bien entendu. La première classe c'est l'assemblage des "reads". Ceci commence dès la sortie du séquenceur. Rappelez-vous, en sortie d'un séquenceur NGS de nouvelle génération, on récupère un ensemble de "reads", des séquences relativement courtes de quelques dizaines de bases, en très grand nombre et qui se recouvrent. La problématique dite de l'assemblage consiste à utiliser ces zones de recouvrement pour ordonner les "reads" entre eux et reconstituer la séquence complète du génome, des algorithmes dits d'assemblage, qui se doivent d'être extrêmement rapides évidemment, compte tenu du nombre de "reads" à traiter. Problématique de la comparaison et de la projection de séquences : comparaison de séquences on l'a longuement étudiée. Projection de séquences ou "mapping". Un exemple, rappelez-vous quand nous avons parlé de la prédiction des gènes eucaryotes, nous avons dit qu'il était possible par des méthodes expérimentales de récupérer l'ARN messager mature, de le transformer en ADN, de le séquencer. On obtenait donc une séquence dite de CDNA. La problématique à ce niveau-là est de projeter cette séquence de CDNA sur la séquence d'ADN pour retrouver effectivement les exons, etc. Cette projection doit se faire en acceptant le fait qu'on peut avoir des correspondances partielles dans les zones projetées. Projection de séquences en anglais, "sequence mapping"...
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