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4.5. Un alignement de séquences vu comme un chemin dans une grille


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Auteur(s) :
PARMENTELAT Thierry
RECHENMANN Francois

Producteur Canal-U :
Inria
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4.5. Un alignement de séquences vu comme un chemin dans une grille

Pour comparer deux séquences entre elles, il faut donc les aligner. Aligner ces deux séquences suppose faire des hypothèses d'insertion, délétion, aux bons endroits. Ça signifie, d'un point de vue séquence de caractères, insérer des caractères "blank", le tiret, aux endroits appropriés. Approprié dans quel sens ? Au sens que la distance entre les deux séquences soit minimale. On appliquera le même processus pour toute perte de séquence, et systématiquement, on retiendra comme étant la mesure de similarité, la distance minimale entre cette paire de séquences.
Comment déterminer ces endroits d'insertion, de délétion, comment émettre ces hypothèses d'insertion, délétion et obtenir un alignement de coût minimal ? Pour ce faire, nous allons raisonner sur une grille. Ici, telle qu'elle est figurée là, où on a la première séquence en ligne et la seconde séquence à aligner comparée en colonne. Ceci nous définit une grille avec des noeuds numérotés 00 ici, 6-7 ici, dans le cas de deux séquences extrêmement courtes, mais vous l'avez bien vu, de longueurs différentes. Que va être un alignement de ces deux séquences ? Un alignement de ces deux séquences va être un chemin dans la grille qui relie le noeud d'origine au noeud extrémité, ici au noeud de coordonnée 6-7...

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    Label UNT : UNIT
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    Date de réalisation : 1 Juin 2015
    Durée du programme : 5 min
    Classification Dewey : biologie application informatique
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    Catégorie : Vidéocours
    Niveau : Tous publics / hors niveau, 1er cycle, L1
    Disciplines : Outils, méthode et techniques scientifiques, Informatique
    Collections : 4. Comparaison de séquences
    ficheLom : Voir la fiche LOM
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    Auteur(s) : RECHENMANN Francois, PARMENTELAT Thierry
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    Langue : Français
    Mots-clés : génomique, algorithmique, bioinformatique, biologie cellulaire et moléculaire, modélisation
    Conditions d’utilisation / Copyright : Ces ressources de cours sont, sauf mention contraire, diffusées sous Licence Creative Commons. L’utilisateur doit mentionner le nom de l’auteur, il peut exploiter l’œuvre sauf dans un contexte commercial et il ne peut apporter de modifications à l’œuvre originale.
 

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